Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

COBRApy - Mô hình chuyển hóa

Hướng dẫn Claude tải mô hình chuyển hóa quy mô hệ gen và chạy FBA, FVA, knockout gene, lấy mẫu thông lượng bằng COBRApy.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Bao trọn quy trình mô hình hóa dựa trên ràng buộc với COBRApy (cobra 0.31.1) kèm code mẫu.
  • Đọc/ghi mô hình SBML, JSON, YAML; khảo sát reaction, metabolite, gene; chạy FBA, pFBA, geometric FBA.
  • FVA (kể cả loopless), sàng lọc knockout gene/phản ứng đơn và đôi, tính môi trường tối thiểu, lấy mẫu OptGP/ACHR, production envelope, gapfilling và xây mô hình từ đầu.
  • Có mẹo dùng context manager cho thay đổi tạm thời, chọn solver (GLPK/hybrid/CPLEX/Gurobi) và xử lý lỗi thường gặp.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học ngành sinh học hệ thống, kỹ thuật chuyển hóa
  • Người cần sàng lọc in silico để thiết kế chủng sản xuất
  • Ai muốn phân tích mô hình quy mô hệ gen (iML1515, iJO1366) một cách tái lập được

Ví dụ sử dụng

  1. "Dự đoán tốc độ tăng trưởng với mô hình textbook và liệt kê các đường trao đổi hoạt động" → load_model + optimize.
  2. "Tìm các gene thiết yếu của E. coli" → single_gene_deletion, lọc growth < 0.01.
  3. "Vẽ production envelope acetate trong điều kiện kỵ khí" → chỉnh model.medium + production_envelope + matplotlib.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/cobrapy/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/cobrapy từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/cobrapy/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và chuyển tới thư mục làm việc.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/
  5. Cài thư viện Python: uv pip install "cobra==0.31.1" (yêu cầu Python 3.9+).
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "dùng skill cobrapy chạy FBA cho mô hình textbook".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT