Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

COBRApy - Mô hình trao đổi chất

Kỹ năng giúp Claude Code dùng COBRApy để chạy FBA, FVA, knockout gene và lấy mẫu flux trên các mô hình trao đổi chất quy mô genome.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Hướng dẫn Claude sử dụng COBRApy (thư viện mô hình hóa trao đổi chất dựa trên ràng buộc) với cú pháp chính xác, cập nhật.

  • Nhập/xuất mô hình: SBML, JSON, YAML; load_model cho textbook, iJO1366, iML1515...
  • Mô phỏng: FBA, pFBA, geometric FBA, FVA (kể cả loopless)
  • Phân tích thiết kế: knockout gene/phản ứng đơn và đôi, production envelope
  • Thiết kế môi trường nuôi: điều chỉnh model.medium, tính minimal_medium
  • Lấy mẫu flux (OptGP/ACHR) và kiểm định mẫu, gapfilling, dựng mô hình từ đầu
  • Ghi chú solver (GLPK mặc định, hybrid/HIGHS, CPLEX/Gurobi tùy chọn) và xử lý lỗi

Nhấn mạnh mẫu chuẩn dùng context manager (with model:) để thay đổi tạm thời rồi tự hoàn nguyên.

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học ngành sinh học hệ thống, công nghệ trao đổi chất
  • Kỹ sư sinh học tối ưu chủng vi sinh, thiết kế lộ trình sản xuất
  • Người thường gặp lỗi vì thay đổi API giữa các bản cobra 0.29–0.31
  • Ai cần dựng nhanh pipeline FBA để tái lập kết quả bài báo

Ví dụ sử dụng

  1. Sàng lọc gene thiết yếu: "Chạy single_gene_deletion trên mô hình textbook và xuất danh sách gene có growth < 0.01 ra CSV."
  2. Dự đoán sinh trưởng kỵ khí: "Với iML1515, đặt hấp thu O2 = 0, glucose 10 mmol/gDW/h, cho biết tốc độ sinh trưởng và các flux tiết ra."
  3. Giới hạn sản xuất acetate: "Tính production envelope của EX_ac_e theo glucose và oxy rồi vẽ đồ thị bằng matplotlib."

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/cobrapy từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/cobrapy/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và kiểm tra Python 3.9 trở lên: python3 --version
  2. Cài COBRApy: uv pip install "cobra==0.31.1" (nếu chưa có uv thì dùng pip install "cobra==0.31.1")
  3. Tải kho kỹ năng: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  4. Sao chép thư mục kỹ năng vào Claude Code: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/
  5. Khởi động lại Claude Code và kiểm tra cobrapy đã xuất hiện trong danh sách kỹ năng.
  6. Thử yêu cầu: "Tải mô hình textbook và chạy FBA tính tốc độ sinh trưởng" — kỹ năng sẽ tự kích hoạt.
  7. Các mô hình quy mô genome (iML1515) tải từ mạng nên lần đầu có thể chậm.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT