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COBRApy 대사 모델링

게놈 규모 대사 모델을 불러와 FBA·FVA·유전자 녹아웃·플럭스 샘플링까지 수행하도록 Claude를 안내하는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • COBRApy(cobra 0.31.1) 기준으로 제약 기반 대사 모델링 전 과정을 코드로 안내합니다.
  • SBML/JSON/YAML 모델 입출력, 모델 구조 탐색, FBA·pFBA·geometric FBA 실행.
  • FVA(loopless 포함), 단일/이중 유전자·반응 결손 스크리닝, 최소 배지 계산, OptGP/ACHR 플럭스 샘플링, 생산 포락선, gapfilling, 모델 신규 구축까지 다룹니다.
  • 컨텍스트 매니저를 이용한 임시 변경, 솔버 선택(GLPK/hybrid/CPLEX/Gurobi), 흔한 오류 대처법도 정리되어 있습니다.

이런 분께 추천

  • 시스템생물학·대사공학 연구자, 대학원생
  • 균주 개량(생산 균주 설계)을 위해 in silico 스크리닝이 필요한 분
  • 게놈 규모 모델(iML1515, iJO1366 등)을 재현성 있게 분석하고 싶은 분

활용 예시

  1. "textbook 모델로 성장률 예측하고 활성 경로 플럭스를 보여줘" → load_model + optimize 워크플로 실행.
  2. "E. coli 필수 유전자를 찾아줘" → single_gene_deletion 후 성장률 0.01 이하 유전자 추출.
  3. "혐기 조건에서 아세트산 생산 포락선을 그려줘" → medium 수정 + production_envelope + matplotlib 시각화.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/cobrapy/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/cobrapy 폴더를 내 ~/.claude/skills/cobrapy/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 작업 폴더로 이동합니다.
  2. 저장소를 복제합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/
  5. 파이썬 환경에 라이브러리를 설치합니다: uv pip install "cobra==0.31.1" (Python 3.9 이상 필요)
  6. Claude Code를 재시작하고 "cobrapy 스킬로 textbook 모델 FBA 돌려줘"처럼 요청하면 스킬이 로드됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT