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COBRApy 대사 모델링

Claude Code에서 COBRApy로 게놈 규모 대사 모델의 FBA·FVA·유전자 녹아웃·플럭스 샘플링을 수행하도록 돕는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

제약 기반 대사 모델링(COBRA) 라이브러리인 COBRApy를 Claude가 정확한 최신 문법으로 다루게 만드는 스킬입니다.

  • 모델 입출력: SBML/JSON/YAML 읽기·쓰기, load_model로 textbook·iJO1366·iML1515 등 로드
  • 시뮬레이션: FBA, pFBA, geometric FBA, FVA(loopless 포함)
  • 설계 분석: 단일/이중 유전자·반응 녹아웃, production envelope(표현형 상평면)
  • 배지 설계: model.medium 조정, minimal_medium 최소 배지 계산
  • 플럭스 샘플링(OptGP/ACHR)과 샘플 유효성 검증, gapfilling, 모델 직접 구축
  • 솔버 노트(GLPK 기본, hybrid/HIGHS, CPLEX·Gurobi 선택)와 트러블슈팅 정리

컨텍스트 매니저(with model:)로 임시 변경 후 자동 복원하는 모범 패턴을 강조합니다.

이런 분께 추천

  • 시스템 생물학·대사공학 연구자 및 대학원생
  • 미생물 균주 개량, 생산 경로 설계를 검토하는 바이오 엔지니어
  • COBRApy 버전 차이(0.29~0.31) 때문에 코드가 자주 깨지는 분
  • 논문 재현용 FBA 파이프라인을 빠르게 만들고 싶은 분

활용 예시

  1. 필수 유전자 스크리닝: "textbook 모델로 single_gene_deletion 돌려서 성장률 0.01 이하인 필수 유전자 목록을 CSV로 저장해줘."
  2. 혐기 조건 성장 예측: "iML1515 모델에서 산소 흡수를 0으로 막고 포도당 10 mmol/gDW/h 조건의 성장률과 부산물 분비 플럭스를 알려줘."
  3. 아세트산 생산 한계 분석: "포도당·산소를 축으로 EX_ac_e의 production envelope를 계산하고 matplotlib으로 그려줘."

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/cobrapy 폴더를 내 ~/.claude/skills/cobrapy/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 Python 3.9 이상이 설치되어 있는지 확인합니다: python3 --version
  2. COBRApy를 설치합니다: uv pip install "cobra==0.31.1" (uv가 없으면 pip install "cobra==0.31.1")
  3. 스킬 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  4. 스킬 폴더를 Claude Code 스킬 경로로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cobrapy ~/.claude/skills/
  5. Claude Code를 재시작하고 /skills 등으로 cobrapy가 목록에 있는지 확인합니다.
  6. "textbook 모델 불러와서 FBA로 성장률 계산해줘"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 활성화됩니다.
  7. 게놈 규모 모델(iML1515 등)은 네트워크에서 내려받으므로 첫 실행 시 시간이 걸릴 수 있습니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT