Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Truy vấn dữ liệu CELLxGENE Census

Kỹ năng giúp truy vấn và phân tích hơn 200 triệu tế bào từ dữ liệu single-cell/spatial công khai mà không cần tải toàn bộ dataset.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

CZ CELLxGENE Census là bộ dữ liệu single-cell và spatial transcriptomics công khai đã được chuẩn hóa và đánh phiên bản. Kỹ năng này hướng dẫn Claude dùng đúng API Python cellxgene-census để lấy chính xác phần dữ liệu cần thiết, thay vì tải về toàn bộ dataset.

  • Lọc theo metadata chuẩn: loại tế bào, mô, bệnh, assay, người hiến tặng
  • Lấy ma trận biểu hiện gen dưới dạng AnnData; xử lý out-of-core cho truy vấn lớn
  • Xem danh sách dataset, số liệu tổng hợp, liên kết tải H5AD gốc
  • Truy cập embedding đã tính trước và dữ liệu spatial
  • Kết nối với Scanpy và huấn luyện PyTorch qua TileDB-SOMA-ML
  • Thực hành tốt về khả năng tái lập (ghim census_version, lọc is_primary_data == True) và mục xử lý sự cố

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học làm việc với scRNA-seq
  • Người cần so sánh nhiều dataset công khai để dựng atlas tham chiếu
  • Kỹ sư ML muốn huấn luyện mô hình phân loại tế bào ở quy mô hàng triệu tế bào
  • Người cần dữ liệu tham chiếu công khai (dữ liệu cục bộ của bạn nên dùng scanpy/scvi-tools)

Ví dụ sử dụng

  1. "Cho tôi biết phân bố loại tế bào trong mô phổi" → chỉ tải metadata bằng get_obs rồi đếm theo cell_type.
  2. "So sánh biểu hiện CD4/CD8A ở tế bào T của bệnh nhân COVID-19" → khám phá metadata trước, sau đó tải AnnData thu hẹp theo gen và loại tế bào rồi phân tích với Scanpy.
  3. "Tìm khác biệt của đại thực bào giữa phổi, gan và não" → truy vấn chéo mô và chạy rank_genes_groups để tìm gen đặc trưng theo mô.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/cellxgene-census từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/cellxgene-census/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cellxgene-census ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và kiểm tra môi trường Python 3.10–3.12 (python --version).
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/cellxgene-census ~/.claude/skills/
  5. Cài thư viện: uv pip install "cellxgene-census==1.17.*" (nếu cần spatial: uv pip install "cellxgene-census[spatial]==1.17.*" "spatialdata[extra]>=0.2.5")
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "Truy vấn các loại tế bào trong mô phổi từ CELLxGENE Census".
  7. Dữ liệu công khai không cần xác thực, nhưng cần kết nối mạng ổn định và đủ RAM cho các truy vấn lớn.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT