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CELLxGENE Census 데이터 쿼리

CZ CELLxGENE Census의 2억 셀 규모 공개 단세포·공간 전사체 데이터를 다운로드 없이 필터링·분석하도록 Claude를 안내하는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • cellxgene_census 파이썬 API로 세포 유형·조직·질병·assay·기증자 조건에 맞는 셀 메타데이터와 발현 행렬 슬라이스를 가져오는 코드를 작성해 줍니다.
  • 데이터셋 전체를 내려받지 않고 필요한 부분만 AnnData로 받거나, 용량이 큰 경우 axis_query() 기반 out-of-core 처리로 전환합니다.
  • 재현성 규칙(census_version 고정), 중복 셀 방지(is_primary_data == True), 컬럼 최소 선택, presence matrix로 유전자 측정 여부 확인 등 베스트 프랙티스를 강제합니다.
  • 공간 전사체(spatial extra), Scanpy 연동, TileDB-SOMA-ML 기반 PyTorch 학습 파이프라인, 다중 데이터셋 통합 패턴까지 다룹니다.
  • 결과가 너무 크거나 메모리 오류, 유전자 미검출, 버전 불일치가 발생할 때의 트러블슈팅 체크리스트를 제공합니다.

이런 분께 추천

  • 단세포/공간 전사체 데이터를 다루는 생명정보학 연구자·대학원생
  • 공개 아틀라스를 레퍼런스로 삼아 자체 데이터를 비교하려는 분
  • 수백만 셀 규모 데이터로 세포 유형 분류 모델을 학습시키려는 ML 엔지니어

활용 예시

  1. "인간 폐 조직의 셀 타입 분포를 알려줘" → get_obs로 메타데이터만 조회해 value_counts() 결과 요약.
  2. "COVID-19 환자 T세포에서 CD4/CD8A 발현을 뽑아줘" → 2단계(탐색 → 쿼리) 워크플로로 필요한 유전자만 AnnData로 로드.
  3. "폐·간·뇌의 대식세포를 비교하고 싶다" → 조직 교차 쿼리 후 Scanpy rank_genes_groups로 차등 발현 분석.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/cellxgene-census/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/cellxgene-census 폴더를 내 ~/.claude/skills/cellxgene-census/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cellxgene-census ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 파이썬 3.10~3.12 환경을 준비합니다(3.13은 아직 미지원).
  2. 터미널에서 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 Claude 스킬 경로로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/cellxgene-census ~/.claude/skills/
  4. 필요한 패키지를 설치합니다: uv pip install "cellxgene-census==1.17.*" (공간 데이터는 "cellxgene-census[spatial]==1.17.*", 모델 학습은 tiledbsoma-ml 추가)
  5. Claude Code를 재시작한 뒤 "CELLxGENE Census에서 인간 폐 셀 타입을 조회해줘"처럼 요청하면 스킬이 발동합니다.
  6. 공개 Census 데이터는 인증 키가 필요 없지만, 대용량 쿼리는 네트워크·메모리 사용량이 크므로 셀 수를 먼저 확인하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT