BioServices – Truy vấn tin sinh học hợp nhất
Kỹ năng dùng thư viện BioServices để truy vấn hơn 40 cơ sở dữ liệu sinh học (UniProt, KEGG, ChEMBL...) qua một giao diện Python duy nhất.
Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 41,485⑂ 3,824Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 31 thg 8, 2026
Làm được gì
- Gọi hơn 40 dịch vụ web tin sinh học (UniProt, KEGG, ChEBI, ChEMBL, PDB, Reactome, QuickGO, PSICQUIC) theo cùng một cách thống nhất bằng Python.
- Hướng dẫn kèm mã mẫu cho: tìm chuỗi/chú giải protein, phân tích và trích xuất mạng tương tác từ KEGG pathway, tra cứu hợp chất chéo cơ sở dữ liệu, chạy BLAST bất đồng bộ, chuyển đổi ID giữa các database.
- Có sẵn script chạy ngay:
protein_analysis_workflow.py,pathway_analysis.py,compound_cross_reference.py,batch_id_converter.py. - Ghi rõ các thay đổi API theo phiên bản (tên cột UniProt sau 2022, phương thức ChEMBL từ 1.6, PSICQUIC/UniChem helper bị bỏ ở 1.16.0) và cách xử lý.
Phù hợp với ai
- Nhà nghiên cứu, học viên cao học ngành tin sinh học cần tổng hợp dữ liệu từ nhiều CSDL.
- Chuyên viên phân tích dữ liệu phải ánh xạ hàng loạt ID gene/protein/hợp chất.
- Lập trình viên xây dựng pipeline dữ liệu sinh học tái lập được bằng Python.
Ví dụ sử dụng
- "Tìm ZAP70_HUMAN trên UniProt, tải FASTA rồi chạy BLAST và tra pathway KEGG" → chạy pipeline phân tích protein đầy đủ.
- "Ánh xạ Geldanamycin sang ID KEGG, ChEBI và ChEMBL" → tra cứu hợp chất chéo qua UniChem.
- "Chuyển 500 mã UniProt sang mã gene KEGG" → dùng script chuyển đổi ID hàng loạt.
· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·
Dùng thử ngay, không cần cài
Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.
Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình: https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/bioservices/SKILL.md Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)
Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.
↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.
Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
- Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
- Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
- Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
Cài vào Claude Code
Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code
Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart. Copy thư mục skills/bioservices từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/bioservices/ của mình. Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.
Cài bằng lệnh thủ công
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/bioservices ~/.claude/skills/⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.
- Mở terminal và kiểm tra phiên bản Python nằm trong khoảng 3.9–3.12:
python --version. - Tải mã nguồn:
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git - Sao chép thư mục kỹ năng:
mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/bioservices ~/.claude/skills/ - Cài thư viện:
uv pip install "bioservices==1.16.0"(hoặcpip install "bioservices==1.16.0"). - Nếu dùng NCBI BLAST, đặt email liên hệ:
export NCBI_EMAIL=your.email@example.com - Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "Lấy chuỗi FASTA của P43403 từ UniProt".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT