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BioServices 생물정보 통합 조회

UniProt·KEGG·ChEMBL 등 40여 개 생물정보 데이터베이스를 하나의 파이썬 인터페이스로 조회·연결하는 스킬입니다.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

파이썬 패키지 bioservices를 활용해 40여 개 생물정보 웹 서비스에 일관된 방식으로 접근하도록 Claude를 안내합니다. REST와 SOAP 프로토콜 차이를 신경 쓰지 않고 단백질 서열·주석 조회(UniProt, PDB, Pfam), 대사경로 분석(KEGG, Reactome), 화합물 검색(ChEBI, ChEMBL, PubChem), 유전자 온톨로지(QuickGO), 단백질 상호작용(PSICQUIC, IntAct)을 다룰 수 있습니다.

특히 데이터베이스 간 ID 변환(UniProtKB↔KEGG↔Ensembl↔PDB)과 여러 서비스를 엮은 다단계 워크플로에 강합니다. 버전에 따라 사라진 메서드(get_compound_id_from_kegg, PSICQUIC 미포함 등)에 대한 대체 방법도 문서에 명시되어 있어 실패 지점을 미리 피할 수 있습니다.

이런 분께 추천

  • 여러 생물학 DB를 오가며 데이터를 통합해야 하는 연구자·대학원생
  • 단백질/유전자/화합물 식별자를 대량으로 변환해야 하는 바이오인포매틱스 실무자
  • 파이썬으로 재현 가능한 생명과학 분석 파이프라인을 만들고 싶은 분
  • 단일 DB 단순 조회만 필요하다면 gget, 서열 파일 조작만 필요하다면 biopython이 더 가볍습니다

활용 예시

  1. "ZAP70_HUMAN의 UniProt 항목을 찾아 FASTA 서열을 받고, 해당 유전자가 포함된 KEGG 경로와 상호작용 네트워크까지 정리해줘" → protein_analysis_workflow.py가 검색→서열→BLAST→경로→상호작용을 순차 실행합니다.
  2. "Geldanamycin의 KEGG 화합물 ID를 찾고 ChEBI·ChEMBL ID로 교차 매핑해줘" → UniChem을 통한 화합물 크로스 레퍼런스 수행.
  3. "UniProt 액세션 500개가 담긴 텍스트 파일을 KEGG 유전자 ID로 일괄 변환해줘" → batch_id_converter.py로 배치 변환.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/bioservices 폴더를 내 ~/.claude/skills/bioservices/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/bioservices ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 파이썬 3.9~3.12 버전이 설치되어 있는지 확인합니다: python3 --version
  2. 스킬 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 Claude Code 스킬 디렉터리로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/bioservices ~/.claude/skills/
  4. 파이썬 패키지를 설치합니다: uv pip install "bioservices==1.16.0" (uv가 없다면 pip install "bioservices==1.16.0")
  5. NCBI BLAST를 쓸 예정이라면 연락용 이메일을 환경변수로 등록합니다: export NCBI_EMAIL=your.email@lab.org (매번 쓰려면 ~/.zshrc 또는 ~/.bashrc에 추가)
  6. Claude Code를 재시작한 뒤 "bioservices로 P43403 단백질 정보를 조회해줘"처럼 요청하면 스킬이 자동 활성화됩니다.
  7. 외부 API를 호출하므로 인터넷 연결과 방화벽(EBI/NCBI/KEGG 도메인 허용) 상태를 확인하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT