BioServices 생물정보 통합 조회
UniProt·KEGG·ChEMBL 등 40여 개 생물정보 데이터베이스를 하나의 파이썬 인터페이스로 조회·연결하는 스킬.
데이터·분석중급★ 41,485⑂ 3,824AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 31.
무엇을 해주나
- BioServices 파이썬 패키지를 활용해 UniProt, KEGG, ChEBI, ChEMBL, PDB, Reactome, QuickGO, PSICQUIC 등 40여 개 생물정보 웹 서비스를 하나의 일관된 방식으로 호출합니다.
- 단백질 서열·주석 검색, KEGG 경로 파싱 및 상호작용 네트워크(SIF) 추출, 화합물 교차 검색, BLAST 실행, 데이터베이스 간 ID 변환을 코드 예시와 함께 안내합니다.
- 동봉된 스크립트(
protein_analysis_workflow.py,pathway_analysis.py,compound_cross_reference.py,batch_id_converter.py)로 다단계 워크플로를 바로 실행할 수 있습니다. - 버전별 API 변경(UniProt 2022 컬럼명, ChEMBL 1.6 메서드명, 1.16.0에서 사라진 PSICQUIC/UniChem 헬퍼)에 대한 대응법을 명시합니다.
이런 분께 추천
- 여러 생물학 DB를 넘나들며 데이터를 모으는 생물정보학 연구자·대학원생
- 유전자/단백질/화합물 ID를 대량으로 매핑해야 하는 데이터 분석가
- 파이썬으로 재현 가능한 바이오 데이터 파이프라인을 만들고 싶은 개발자
활용 예시
- "ZAP70_HUMAN의 UniProt 항목을 찾아 FASTA를 받고 BLAST와 KEGG 경로까지 한 번에 정리해줘" → 단백질 특성 분석 파이프라인 실행.
- "Geldanamycin의 KEGG·ChEBI·ChEMBL ID를 교차 매핑해줘" → UniChem 기반 화합물 교차 참조.
- "UniProt 액세션 500개를 KEGG 유전자 ID로 일괄 변환해줘" → 배치 ID 변환 스크립트 사용.
· · · 설치 가이드 · · ·
설치 없이 지금 한 번 써보기
아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.
이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘: https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/bioservices/SKILL.md 내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)
Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.
↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.
Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
- 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
- Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
- Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
Claude Code에 설치
Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요
클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘. GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/bioservices 폴더를 내 ~/.claude/skills/bioservices/ 에 그대로 복사해줘. 설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.
직접 명령으로 설치하기
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/bioservices ~/.claude/skills/⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.
- 터미널을 열고 Python 3.9~3.12 환경인지 확인합니다(
python --version). - 저장소를 내려받습니다:
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git - 스킬 폴더를 복사합니다:
mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/bioservices ~/.claude/skills/ - 파이썬 패키지를 설치합니다:
uv pip install "bioservices==1.16.0"(uv가 없으면pip install "bioservices==1.16.0"). - NCBI BLAST를 쓸 경우 이메일을 설정합니다:
export NCBI_EMAIL=your.email@example.com - Claude Code를 재시작한 뒤 "UniProt에서 P43403 서열 가져와줘" 같이 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT