Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Biopython – Bộ công cụ sinh học phân tử

Giúp Claude viết code Biopython chính xác cho xử lý chuỗi, truy vấn NCBI, BLAST, cấu trúc protein và cây phát sinh loài.

Lập trìnhTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Đóng gói hướng dẫn sử dụng Biopython (bản 1.87) theo từng lĩnh vực. Claude sẽ đọc tệp tham khảo phù hợp trong references/ (chuỗi & I/O, gióng hàng, NCBI Entrez, BLAST, cấu trúc, phát sinh loài, nâng cao) rồi sinh code Python chạy được.

  • Đọc/ghi/chuyển đổi FASTA, GenBank, FASTQ, PDB, mmCIF
  • Truy vấn PubMed, GenBank, Protein, Gene qua Bio.Entrez kèm giới hạn tốc độ đúng chuẩn
  • Chạy BLAST trên web hoặc cục bộ, phân tích và lọc kết quả XML
  • Bio.PDB: duyệt cấu trúc, tính khoảng cách, RMSD, DSSP
  • Bio.Phylo: dựng, chỉnh sửa, vẽ cây; motif, di truyền quần thể, enzyme cắt giới hạn
  • Cảnh báo tương thích: module bị loại bỏ từ 1.86 và thay đổi gap score

Phù hợp với ai

  • Nghiên cứu viên, học viên cao học xử lý dữ liệu chuỗi số lượng lớn
  • Lập trình viên xây pipeline tin sinh học bằng Python
  • Người làm dữ liệu muốn tự động hoá thu thập dữ liệu NCBI
  • Giảng viên cần ví dụ Biopython đã được kiểm chứng

Ví dụ sử dụng

  1. "Chuyển toàn bộ tệp GenBank trong thư mục này sang FASTA và lập bảng %GC" → script SeqIO.convert + gc_fraction
  2. "Tải tiêu đề và abstract của 200 bài PubMed theo từ khoá, lưu ra CSV, dùng API key" → code Entrez esearch/efetch theo lô
  3. "Dựng cây NJ từ tệp alignment và xuất ra Newick kèm cây ASCII" → DistanceCalculator + DistanceTreeConstructor

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/biopython từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/biopython/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/biopython ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Đảm bảo đã có Python 3.10+ và Claude Code.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Copy kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/biopython ~/.claude/skills/
  4. Cài Biopython: pip install "biopython==1.87" (hoặc uv pip install "biopython==1.87")
  5. Nếu dùng NCBI, đặt biến môi trường: export NCBI_EMAIL="ban@email.com" và tuỳ chọn export NCBI_API_KEY="..."
  6. Muốn chạy BLAST/MUSCLE cục bộ thì cài thêm các công cụ dòng lệnh đó.
  7. Mở lại Claude Code và thử yêu cầu: "dùng biopython thống kê tệp FASTA này" để kiểm tra kỹ năng đã nạp.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT