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Biopython 분자생물학 툴킷

Claude가 Biopython으로 서열 처리, 파일 파싱, NCBI 조회, BLAST, 구조·계통 분석 코드를 정확하게 작성하도록 돕는 스킬.

데이터·분석중급★ 41,485⑂ 3,824AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 31.

무엇을 해주나

  • DNA/RNA/단백질 서열 생성·변환(전사, 번역, 역상보)과 통계(GC 함량, 분자량, Tm) 계산 코드를 만들어 줍니다.
  • FASTA, GenBank, FASTQ, PDB, mmCIF, Newick 등 주요 생물정보 파일의 읽기/쓰기/포맷 변환을 처리합니다.
  • Bio.Entrez로 PubMed·GenBank·Protein 등 NCBI 데이터베이스를 프로그램으로 검색·다운로드하며, 이메일/API 키·레이트 리밋 규칙까지 지켜 줍니다.
  • 웹/로컬 BLAST 실행과 XML 결과 파싱, E-value 기준 필터링을 자동화합니다.
  • Bio.PDB로 구조 계층 탐색·거리/RMSD 계산, Bio.Phylo로 계통수 생성·시각화를 지원합니다.
  • 모듈별 레퍼런스 문서(references/sequence_io.md, blast.md, structure.md 등)를 먼저 찾아 읽고 코드 패턴을 적용하도록 설계되어 있습니다.

이런 분께 추천

  • 생물정보학 파이프라인을 직접 짜는 연구자·대학원생
  • 논문 데이터 재현이나 서열 배치 처리가 잦은 생명과학 실무자
  • NCBI 데이터를 반복적으로 수집·정리해야 하는 데이터 분석가

활용 예시

  1. "이 FASTA 파일 3천 개 서열의 GC 함량과 길이를 계산해 CSV로 저장해줘" → SeqIO.parse 반복자 기반 메모리 효율 스크립트 생성.
  2. "EU490707 서열을 GenBank에서 받아 단백질로 번역해줘" → Entrez.efetch + SeqIO.read + translate() 조합.
  3. "정렬 파일로 NJ 계통수를 만들어 ASCII로 보여줘" → DistanceCalculator + DistanceTreeConstructor.nj + Phylo.draw_ascii.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/biopython/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/biopython 폴더를 내 ~/.claude/skills/biopython/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/biopython ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 스킬 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 디렉터리를 준비합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. biopython 스킬 폴더를 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/biopython ~/.claude/skills/
  4. 파이썬 의존성을 설치합니다: uv pip install "biopython==1.87" (uv가 없으면 pip install "biopython==1.87")
  5. NCBI 사용 시 환경변수를 설정합니다: export NCBI_EMAIL="your.email@example.com", 선택적으로 export NCBI_API_KEY="..."
  6. 로컬 BLAST나 MUSCLE 예제를 쓰려면 해당 CLI 도구를 별도로 설치합니다.
  7. Claude Code를 재시작한 뒤 "FASTA 파일 파싱해줘"처럼 요청해 스킬이 로드되는지 확인합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT