Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trợ lý chuẩn dữ liệu ảnh não BIDS

Skill giúp tổ chức, truy vấn, kiểm tra và chuyển đổi dữ liệu thần kinh (MRI, EEG, PET...) theo chuẩn BIDS.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

BIDS (Brain Imaging Data Structure) là chuẩn cộng đồng để sắp xếp dữ liệu nghiên cứu thần kinh và y sinh theo cấu trúc thư mục, quy tắc đặt tên và metadata thống nhất. Skill này hướng dẫn Claude thực hiện:

  • Sắp xếp 11 modality: MRI (cấu trúc, chức năng, khuếch tán, fieldmap, ASL), PET, microscopy, EEG/MEG/iEEG/EMG, NIRS, motion capture, dữ liệu hành vi
  • Viết dataset_description.json, participants.tsv, events.tsv, scans.tsv
  • Truy vấn dữ liệu bằng PyBIDS BIDSLayout theo subject/session/task/run, kèm cache chỉ mục SQLite
  • Kiểm tra tuân thủ bằng bids-validator (nền Deno) và cấu hình .bidsignore
  • Chuyển DICOM sang BIDS với HeuDiConv, dcm2bids hoặc BIDScoin
  • Chạy BIDS-Apps (fMRIPrep, MRIQC, QSIPrep) và tạo derivatives đúng chuẩn

Tài liệu còn có 8 lỗi thường gặp kèm cách sửa (thiếu dataset_description, thiếu SliceTiming, TSV sai encoding, nhầm trục phase encoding...) và các thực hành tốt như xoá mặt (defacing), kế thừa metadata, quản lý phiên bản bằng DataLad.

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu cần tải dữ liệu lên OpenNeuro, DANDI hoặc công bố dữ liệu kèm bài báo
  • Người xử lý ảnh cần quy trình chuyển đổi DICOM có thể tái lập
  • Người quản lý dữ liệu phải hợp nhất dữ liệu từ nhiều lab về một chuẩn
  • Học viên cao học mới làm quen với ngữ pháp tên tệp và metadata bắt buộc của BIDS

Ví dụ sử dụng

  1. Chuyển đổi DICOM: "Viết heuristic HeuDiConv cho thư mục scan này" → Claude đi theo trình tự khảo sát → viết heuristic → convert, có tính đến quy ước ReproIn.
  2. Sửa lỗi kiểm tra: "Validator báo 'Not a BIDS dataset', vì sao?" → chỉ ra thiếu dataset_description.json ở thư mục gốc và tạo file tối thiểu.
  3. Script truy vấn: "Lấy đường dẫn và RepetitionTime của toàn bộ file bold task-rest" → sinh code PyBIDS dùng bộ lọc entity và database_path để tăng tốc.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/bids từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/bids/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/bids ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và tạo thư mục skills nếu chưa có: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. Clone repo vào thư mục tạm: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills
  3. Sao chép riêng skill BIDS: cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/bids ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra thư mục references/ (core_workflows.md, bids_schema.json...) đã được sao chép: ls ~/.claude/skills/bids
  5. Cài các công cụ Python: uv pip install pybids bids-validator-deno nibabel pydicom (thêm heudiconv hoặc dcm2bids nếu cần chuyển DICOM)
  6. Khởi động lại Claude Code rồi thử yêu cầu: "Kiểm tra xem dataset của tôi có đúng chuẩn BIDS không".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT