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BIDS 뇌영상 데이터 표준 도우미

MRI·EEG·PET 등 신경과학 데이터를 BIDS 표준 구조로 정리·검증·변환하도록 도와주는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

BIDS(Brain Imaging Data Structure)는 신경과학·생의학 연구 데이터를 표준화된 폴더 구조와 파일명, 메타데이터로 정리하는 커뮤니티 표준입니다. 이 스킬은 Claude가 BIDS 규격(v1.11.x 기준)에 맞춰 다음 작업을 처리하도록 안내합니다.

  • MRI(구조·기능·확산·필드맵·ASL), PET, 현미경, EEG/MEG/iEEG/EMG, NIRS, 모션캡처, 행동 데이터 등 11개 모달리티의 디렉터리 배치
  • dataset_description.json, participants.tsv, events.tsv, scans.tsv 작성
  • PyBIDS BIDSLayout로 피험자·세션·태스크·런 단위 파일 조회 및 인덱스 캐싱
  • bids-validator(Deno 기반)로 규격 검증, .bidsignore 설정
  • HeuDiConv / dcm2bids / BIDScoin을 이용한 DICOM → BIDS 변환
  • fMRIPrep·MRIQC·QSIPrep 같은 BIDS-App 실행과 derivatives 산출물 구조화

또한 검증 실패 원인(누락된 dataset_description, SliceTiming 없음, TSV 인코딩 문제, phase encoding 축 혼동 등) 8가지에 대한 진단·해결 가이드와 익명화(디페이싱), 메타데이터 상속, DataLad 버전 관리 같은 베스트 프랙티스를 담고 있습니다.

이런 분께 추천

  • OpenNeuro·DANDI에 데이터를 업로드하거나 논문 부속 데이터를 공개해야 하는 연구자
  • 스캐너에서 나온 DICOM을 재현 가능한 파이프라인으로 변환하려는 영상 분석 담당자
  • 여러 실험실 데이터를 하나의 규격으로 통합·큐레이션해야 하는 데이터 매니저
  • BIDS 규격을 처음 접해 파일명 문법과 필수 메타데이터가 헷갈리는 대학원생

활용 예시

  1. DICOM 변환: "이 스캐너 폴더를 HeuDiConv로 BIDS로 변환하는 heuristic 파일을 만들어줘" → 정찰(reconnaissance) → heuristic 작성 → 변환 순서로 진행하고 ReproIn 규칙까지 반영합니다.
  2. 데이터셋 검증: "validator가 Not a BIDS dataset이라고 하는데 왜?" → 루트의 dataset_description.json 누락을 지적하고 최소 필드를 생성해 줍니다.
  3. 쿼리 스크립트: "sub-01~20의 rest 태스크 bold 파일 경로와 RepetitionTime을 표로 뽑아줘" → PyBIDS 엔티티 필터와 database_path 캐싱을 활용한 코드를 제시합니다.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/bids 폴더를 내 ~/.claude/skills/bids/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/bids ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 홈 디렉터리에 스킬 폴더가 있는지 확인합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. 저장소를 임시 폴더에 복제합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills
  3. BIDS 스킬만 복사합니다: cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/bids ~/.claude/skills/
  4. references/ 폴더(core_workflows.md, bids_schema.json 등)가 함께 복사되었는지 확인합니다: ls ~/.claude/skills/bids
  5. 필요한 파이썬 도구를 설치합니다: uv pip install pybids bids-validator-deno nibabel pydicom (DICOM 변환이 필요하면 heudiconv 또는 dcm2bids 추가)
  6. Claude Code를 재시작한 뒤 "내 BIDS 데이터셋을 검증해줘"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 호출됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT