AI Skill MartKhám phá skillLệnhChương trìnhHọcSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trình xử lý dữ liệu single-cell AnnData

Kỹ năng giúp tạo, đọc/ghi, gộp và xử lý dữ liệu AnnData (.h5ad, Zarr) theo API mới nhất 0.13.x một cách an toàn.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 56,496⑂ 4,969Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 2 thg 11, 2026

Làm được gì

  • Giải thích và vận dụng đúng cấu trúc AnnData: X, obs, var, layers, obsm/varm, obsp/varp, uns, raw.
  • Đọc/ghi h5ad, Zarr, CSV, MTX, Loom; dùng chế độ backed (tải trễ) và truy cập store từ xa.
  • Gộp nhiều tập dữ liệu bằng ad.concat (inner/outer, label/keys), phân biệt view vs copy, chuyển chuỗi sang categorical để tiết kiệm RAM.
  • Cảnh báo các thay đổi ở 0.13: bỏ AnnData.concatenate(), dùng anndata.io, layers[None], Zarr v3 mặc định, AnnLoader/Loom đã deprecated.
  • Khắc phục lỗi thường gặp: hết bộ nhớ, đọc file chậm, lệch index khi gán cột mới.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu/phân tích dùng hệ sinh thái scverse (scanpy, scvi-tools, muon) cho single-cell RNA-seq.
  • Kỹ sư tin sinh phải xử lý file h5ad hàng chục GB trong giới hạn RAM.
  • Người cần migrate code AnnData cũ sang API hiện tại.

Ví dụ sử dụng

  1. "Gộp batch1–batch3.h5ad kèm nhãn batch, join inner" → sinh code ad.concat(..., label='batch', keys=[...]) và bước kiểm tra sau gộp.
  2. "Lọc tế bào có quality_score > 0.8 từ file 100GB" → mở backed='r', lọc theo metadata, to_memory() rồi file.close() đúng thứ tự.
  3. "Giữ counts gốc rồi chỉ lấy 2000 gene biến thiên cao" → lưu layers['counts'], snapshot adata.raw, sau đó subset HVG.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/anndata/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên AI Skill Mart.
Copy thư mục skills/anndata từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/anndata/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/anndata ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy riêng kỹ năng này: cp -r scientific-agent-skills/skills/anndata ~/.claude/skills/
  5. Kiểm tra thư mục references/ đã được copy: ls ~/.claude/skills/anndata
  6. Cài thư viện trong môi trường Python 3.12+: uv pip install "anndata==0.13.4" (cần I/O lười thì uv pip install "anndata[dask,lazy]==0.13.4").
  7. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu "gộp các file h5ad" để xem kỹ năng có được gọi.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT