Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Skill cấu trúc dữ liệu AnnData

Hướng dẫn Claude đọc, ghi, gộp và lọc dữ liệu AnnData (.h5ad/zarr) — cấu trúc dữ liệu chuẩn cho phân tích single-cell.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 46,134⑂ 4,181Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 21 thg 9, 2026

Làm được gì

  • Tạo, đọc, ghi đối tượng AnnData với .h5ad, .zarr, CSV/MTX/Loom bằng API mới nhất (dùng anndata.io).
  • Giải thích cấu trúc X, obs, var, layers, obsm/varm, obsp/varp, uns, raw và khác biệt giữa view và copy.
  • Mẫu code gộp batch bằng ad.concat (inner/outer, label/keys), xử lý file lớn với backed mode và chia chunk, tối ưu bộ nhớ bằng ma trận thưa và categorical.
  • Cảnh báo tránh API đã bị loại bỏ (ad.read, AnnData.concatenate(), __version__) và ghi rõ anndata.experimental chưa ổn định.
  • Ví dụ tích hợp với scanpy, muon, PyTorch (AnnLoader) trong hệ sinh thái scverse.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên tin sinh học làm việc với dữ liệu scRNA-seq bằng Python.
  • Người xây pipeline scanpy/scvi-tools và thường gặp lỗi định dạng dữ liệu.
  • Ai phải xử lý file h5ad hàng chục–hàng trăm GB mà không đủ RAM.

Ví dụ sử dụng

  1. "Gộp batch1–batch3.h5ad, gắn nhãn batch, chỉ giữ gene chung" → sinh code ad.concat(..., label='batch', keys=[...], join='inner').
  2. "Lấy các tế bào quality_score > 0.8 từ file 100GB" → mở backed mode, lọc, to_memory(), rồi write_h5ad(compression='gzip').
  3. "Bị lỗi hết bộ nhớ" → checklist: chuyển sang csr_matrix, strings_to_categoricals(), lưu raw đúng thời điểm.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/anndata/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/anndata từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/anndata/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/anndata ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Copy riêng skill anndata: cp -r scientific-agent-skills/skills/anndata ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra các file trong references/ đã được copy: ls ~/.claude/skills/anndata
  5. Chuẩn bị môi trường Python 3.11+: uv pip install "anndata==0.12.16" (thêm scanpy nếu cần).
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu như "gộp các file h5ad này lại" để xem skill có kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT