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AnnData 단일세포 데이터 구조 도우미

h5ad·zarr 등 주석 행렬(AnnData) 데이터를 생성·읽기·병합·최적화하는 방법을 Claude에게 알려주는 스킬입니다.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

단일세포 유전체 분석의 표준 데이터 구조인 AnnData를 다루는 정확한 코드와 관례를 Claude에게 주입합니다.

  • X, obs, var, layers, obsm/varm, obsp/varp, uns, raw 구조 설명
  • h5ad / zarr / CSV / MTX / Loom 읽기·쓰기, 압축·backed 모드
  • ad.concat()을 이용한 배치·모달리티 결합, join/merge 전략
  • 서브세팅, 뷰 vs 복사, categorical 변환 등 메모리 최적화 관행
  • deprecated API(ad.read, AnnData.concatenate()) 회피 및 최신 anndata.io 사용 안내

이런 분께 추천

  • scRNA-seq 데이터를 scanpy/scvi-tools와 함께 분석하는 연구자
  • 수십 GB급 h5ad 파일을 메모리 부족 없이 처리해야 하는 데이터 엔지니어
  • 여러 배치·실험을 하나의 객체로 합쳐야 하는 바이오인포매틱스 실무자

활용 예시

  1. "100GB짜리 h5ad를 backed 모드로 열어 quality_score > 0.8인 세포만 청크 단위로 처리하는 스크립트 써줘"
  2. "batch1~3 h5ad를 inner join으로 concat하고 batch 라벨 붙인 뒤 combat 보정까지 파이프라인 만들어줘"
  3. "AnnData 객체가 너무 무거운데 sparse 변환과 categorical 변환으로 용량 줄이는 방법 알려줘"

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/anndata 폴더를 내 ~/.claude/skills/anndata/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/anndata ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 임시 폴더에 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. anndata 스킬만 복사합니다: cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/anndata ~/.claude/skills/
  5. references/ 하위 문서까지 함께 복사됐는지 ls ~/.claude/skills/anndata로 확인합니다.
  6. Python 환경을 준비합니다(Python 3.11+): uv pip install "anndata==0.12.16"
  7. Claude Code를 재시작한 뒤 "h5ad 파일 열어서 T cell만 추출해줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT