AnnData 데이터 구조 스킬

무엇을 해주나

• .h5ad, .zarr, CSV/MTX/Loom 등 다양한 포맷의 AnnData 객체 생성·읽기·쓰기 방법을 정확한 최신 API로 안내합니다.
• X, obs, var, layers, obsm/varm, obsp/varp, uns, raw 등 구성요소 구조와 view vs copy 차이를 설명합니다.
• ad.concat을 이용한 배치 결합(inner/outer, label/keys), 대용량 파일의 backed 모드·청크 처리, 희소행렬·categorical 변환 같은 메모리 최적화 패턴을 제시합니다.
• 폐기된 API(ad.read, AnnData.concatenate(), __version__ 등) 사용을 피하도록 교정하고, anndata.experimental은 불안정하다는 점을 명시합니다.
• scanpy, muon, PyTorch(AnnLoader) 등 scverse 생태계 연동 예시를 포함합니다.

이런 분께 추천

• 단일세포 RNA-seq 데이터를 파이썬으로 다루는 생물정보학 연구자·대학원생
• scanpy/scvi-tools 파이프라인을 만들며 데이터 포맷 오류에 시간을 낭비하고 있는 분
• 수십~수백 GB h5ad 파일을 메모리 부족 없이 처리해야 하는 분

활용 예시

1. "batch1~3.h5ad를 배치 라벨 붙여 합치고 inner join으로 유전자 교집합만 남겨줘" → ad.concat(..., label='batch', keys=[...], join='inner') 코드 생성.
2. "100GB h5ad에서 quality_score > 0.8인 세포만 뽑아 저장" → backed 모드로 열고 필터 후 to_memory() → write_h5ad(compression='gzip') 흐름 제안.
3. "메모리 부족 오류가 난다" → 희소행렬 변환, strings_to_categoricals(), raw 저장 시점 등 최적화 체크리스트 제공.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/anndata/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/anndata 폴더를 내 ~/.claude/skills/anndata/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.