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AnnData 단세포 데이터 핸들러

h5ad·Zarr 기반 AnnData 객체 생성, 입출력, 병합, 대용량 처리를 최신 0.13.x API로 안전하게 다루게 해주는 스킬.

데이터·분석중급★ 56,496⑂ 4,969AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 11. 2.

무엇을 해주나

  • AnnData 객체(X, obs, var, layers, obsm/varm, uns, raw)의 구조를 이해하고 올바르게 생성·조작하도록 안내합니다.
  • h5ad, Zarr, CSV, MTX, Loom 읽기/쓰기와 backed(지연 로딩) 모드, 원격 스토어 접근 패턴을 제시합니다.
  • ad.concat 기반 배치 병합(inner/outer, label/keys), 서브셋·뷰/복사 구분, 범주형 변환 등 메모리 효율 패턴을 적용합니다.
  • 0.13에서 바뀐 사항(AnnData.concatenate() 제거, anndata.io 사용, layers[None], Zarr v3 기본값, AnnLoader·Loom 사용 중단)을 반영해 레거시 코드 실수를 막아줍니다.
  • OOM, 느린 읽기, 인덱스 정렬 오류 같은 흔한 문제의 해결 코드를 제공합니다.

이런 분께 추천

  • 단세포 RNA-seq, 공간 전사체 등 scverse(scanpy, scvi-tools, muon) 생태계를 쓰는 연구자·분석가
  • 수십 GB급 h5ad 파일을 메모리 한계 안에서 처리해야 하는 생물정보학 엔지니어
  • 오래된 AnnData 예제 코드를 최신 API로 마이그레이션하려는 분

활용 예시

  1. "batch1~3.h5ad를 배치 라벨과 함께 inner join으로 합쳐줘" → ad.concat(..., label='batch', keys=[...]) 코드와 검증 어서션까지 생성.
  2. "100GB h5ad에서 품질 점수 0.8 이상 세포만 꺼내 처리해줘" → backed='r'로 열어 메타데이터 필터 후 to_memory(), 파일 close까지 포함한 안전한 흐름 제시.
  3. "정규화 전에 원시 카운트를 보존하면서 HVG 2000개만 남겨줘" → layers['counts'] 저장, adata.raw 스냅샷, HVG 서브셋 순서를 잡아주는 워크플로 작성.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/anndata/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

AI 스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/anndata 폴더를 내 ~/.claude/skills/anndata/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/anndata ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/anndata ~/.claude/skills/
  5. references/ 하위 참고 문서가 함께 복사됐는지 확인합니다: ls ~/.claude/skills/anndata
  6. Python 3.12 이상 환경에서 라이브러리를 설치합니다: uv pip install "anndata==0.13.4" (지연 I/O가 필요하면 uv pip install "anndata[dask,lazy]==0.13.4")
  7. Claude Code를 재시작하고 "h5ad 파일 합쳐줘" 같은 요청으로 스킬이 호출되는지 확인합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT