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pysam 유전체 파일 처리

SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ, tabix 파일을 pysam으로 안전하게 읽고 필터링·집계하도록 돕는 생물정보학 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • pysam(HTSlib 바인딩)으로 정렬 파일(SAM/BAM/CRAM), 변이 파일(VCF/BCF), 서열 파일(FASTA/FASTQ), tabix 인덱스 테이블을 다루는 코드를 정확한 관례에 맞춰 작성해 줍니다.
  • 0-based 반열림 숫자 좌표 vs 1-based 포함 리전 문자열 같은 초보자·경력자 모두가 자주 틀리는 규칙을 명시적으로 지켜 줍니다.
  • inspect_hts.py(메타데이터 점검), alignment_qc.py(정렬 QC 집계), variant_summary.py(변이 요약), filter_alignments.py(정렬 필터링) 등 읽기 전용/비파괴 스크립트를 함께 제공합니다.
  • CRAM 레퍼런스 지정, pileup 기본값(base quality, max_depth 8000), 헤더 보존 규칙, samtools/bcftools 래퍼 사용법 등 실전 함정을 정리해 둡니다.

이런 분께 추천

  • NGS 데이터를 파이썬으로 직접 파싱·집계하는 생물정보학 연구자·엔지니어
  • BAM/VCF 처리 파이프라인을 만들거나 유지보수하는 분
  • samtools CLI는 익숙하지만 pysam API 관례가 헷갈리는 분

활용 예시

  1. "이 BAM에서 chr1:1,000-2,000 구간의 MAPQ 30 이상 primary read만 세어줘" → 올바른 좌표 체계와 플래그 필터가 적용된 코드 생성.
  2. "cohort.vcf.gz에서 FILTER 통과 변이와 샘플별 genotype 요약 JSON 만들기" → variant_summary.py --region chr1:1-1000000 실행 안내.
  3. "CRAM을 읽는데 레퍼런스 오류가 난다" → reference_filename 지정과 REF_PATH/REF_CACHE 사용 시점 진단.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pysam/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/pysam 폴더를 내 ~/.claude/skills/pysam/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/pysam ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 스킬을 둘 폴더를 준비합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas
  3. pysam 스킬 폴더를 통째로 복사합니다(참조 문서와 스크립트가 함께 있어야 합니다): cp -r /tmp/sas/skills/pysam ~/.claude/skills/
  4. 파이썬 환경에 pysam을 설치합니다: uv pip install "pysam==0.24.0" (또는 pip install pysam==0.24.0)
  5. 설치 확인: 파이썬에서 import pysam; print(pysam.__version__) 이 0.24.0을 출력하는지 봅니다.
  6. Claude Code를 재시작한 뒤 "이 BAM 파일 요약해줘" 같이 요청하면 스킬이 자동으로 호출됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT