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NCATS ARAX 생의학 지식그래프 조회

NCATS Translator ARAX API를 제한된 형태로 호출해 근거(출처·논문)까지 담긴 생의학 지식그래프 관계를 조회하는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

NCATS Translator의 ARAX 프로덕션 API를 안전하게 감싼 파이썬 CLI 클라이언트를 Claude가 대신 실행해 줍니다.

  • 엔티티 정규화: 자유 텍스트(예: "primary myelofibrosis")를 표준 CURIE와 Biolink 카테고리로 변환하고, 동의어를 미리 검토합니다.
  • 1홉 조회: 약물–유전자, 유전자–질병 등 타입이 명시된 단일 관계를 qualifier(활성 증가/감소 등)까지 지정해 조회합니다.
  • 양끝 고정 2홉 조회: 시작·끝 노드를 고정하고 중간 노드 타입만 지정하는 정확히 2단계 경로 탐색을 수행합니다.
  • 선택적 연합 질의: 사용자가 직접 지정한 2~5개 지식 제공자(KP)로만 federation을 수행합니다.
  • 출처 검사: 저장된 request.json/response.json을 네트워크 없이 다시 요약해 edge binding, 논문, primary/aggregator 출처를 확인합니다.

RTX-KG2 기본 조회, 결과 수 1~50 제한, 추론·랭킹·자유 경로탐색 배제 등 의도적으로 좁힌 범위가 문서에 명확히 규정되어 있어 결과 해석이 왜곡될 위험을 줄입니다.

이런 분께 추천

  • 약물 재창출, 표적 탐색 등을 하는 생명정보학·중개연구 연구자
  • Biolink Model / TRAPI 규격에 익숙하고 재현 가능한 질의 기록이 필요한 분
  • LLM의 추측이 아니라 출처가 붙은 그래프 근거를 원하는 분
  • 반대로, 임상 조언이나 환자 데이터 관련 질문에는 절대 사용하지 마세요(문서가 명시적으로 금지).

활용 예시

  1. 이마티닙–ABL1 관계 확인: CHEBI:31690(SmallMolecule)과 NCBIGene:25(Gene)를 고정하고 biolink:affects + "activity_or_abundance decreased" qualifier로 1홉 조회 → 반환된 edge의 primary source와 논문 목록 확인.
  2. 이바카프토르 → 유전자 → 낭성섬유증 2홉: 양 끝을 CHEBI:66901, MONDO:0009061로 고정하고 중간 노드를 biolink:Gene으로 두어 후보 매개 유전자 경로를 나열.
  3. 여러 제공자 비교: 동일한 1홉 질의를 --mode federated --kp infores:rtx-kg2 --kp infores:molepro로 실행해 지식 소스별 커버리지 차이를 비교(일부 제공자 오류 시 partial로 표시됨).

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/ncats-arax 폴더를 내 ~/.claude/skills/ncats-arax/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/ncats-arax ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 사전 준비: Python 3.10 이상이 설치되어 있고 arax.transltr.io로 HTTPS 외부 접속이 가능한지 확인합니다. API 키는 필요 없습니다.
  2. 저장소 클론: 터미널에서 git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git 을 실행합니다.
  3. 스킬 폴더 복사: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/ncats-arax ~/.claude/skills/
  4. Claude Code 재시작: 새 세션을 열고 /skills 등으로 ncats-arax가 목록에 보이는지 확인합니다.
  5. 프리플라이트 점검: python ~/.claude/skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py preflight 를 실행해 서비스와 TRAPI 버전이 정상 인식되는지 확인합니다.
  6. 첫 사용: Claude에게 "ARAX로 imatinib과 ABL1의 관계를 1홉 조회해줘"처럼 요청하세요. 결과는 --output-dir로 지정한 새 빈 폴더에 request.json, response.json, summary.json으로 저장됩니다.
  7. 주의: 질의 내용이 공개될 수 있으므로 환자 정보·미공개 연구 주제는 절대 입력하지 마세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT