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histolab (전슬라이드 이미지 타일 추출)

기가픽셀 병리 슬라이드(WSI)에서 조직 영역을 찾아 학습용 타일을 뽑아내는 histolab 작업을 Claude가 안내·자동화해 주는 스킬.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 7/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

디지털 병리에서 쓰는 전슬라이드 이미지(WSI, .svs 등)를 파이썬 라이브러리 histolab으로 다루는 방법을 Claude가 정확한 코드와 함께 제시합니다.

  • 슬라이드 로딩, 피라미드 레벨·속성 확인, 썸네일 생성
  • 조직 영역 검출 마스크(TissueMask, BiggestTissueBoxMask)와 커스텀 마스크
  • 타일 추출 전략 선택: RandomTiler(샘플링), GridTiler(전면 커버), ScoreTiler(품질 우선)
  • 이미지·형태학 필터 체이닝, Macenko/Reinhard 염색 정규화
  • 추출 위치 미리보기(locate_tiles)와 마스크 시각화
  • 타일이 안 나올 때, 배경 타일이 많을 때, 속도가 느릴 때 등 상황별 트러블슈팅

이런 분께 추천

  • H&E 슬라이드로 딥러닝 학습 데이터셋을 만들어야 하는 연구자
  • 병리 AI 파이프라인의 전처리 단계를 표준화하고 싶은 개발자
  • WSI를 처음 다뤄 어떤 타일러와 파라미터를 써야 할지 막막한 대학원생

활용 예시

  1. "이 .svs 슬라이드에서 512x512 타일 200장을 조직 비율 80% 이상으로 랜덤 추출하는 코드 만들어줘" → 시드 고정 RandomTiler 코드와 미리보기 단계 제공
  2. "슬라이드마다 색감이 달라 학습이 불안정해" → Macenko 염색 정규화를 파이프라인에 끼워 넣는 방법 안내
  3. "GridTiler가 너무 느립니다" → 하위 피라미드 레벨 사용, BiggestTissueBoxMask 전환 등 성능 튜닝 제안

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/histolab 폴더를 내 ~/.claude/skills/histolab/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/histolab ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 먼저 시스템에 OpenSlide 라이브러리를 설치합니다. (macOS: brew install openslide, Ubuntu: sudo apt install openslide-tools) — Windows는 histolab 0.7.0에서 지원되지 않습니다.
  2. Python 3.8~3.11 환경에서 pip install histolab (샘플 슬라이드를 쓰려면 pip install pooch도 함께) 를 실행합니다.
  3. 터미널에서 스킬 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  4. 스킬 폴더를 Claude 스킬 디렉터리로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/histolab ~/.claude/skills/
  5. Claude Code를 재시작한 뒤 "histolab으로 WSI 타일 추출하고 싶어"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 호출됩니다.
  6. references/ 폴더의 문서들이 함께 복사되었는지 확인하세요. 상세 예시가 그 안에 들어 있습니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT