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바인더 설계 도구 선택 가이드

단백질 바인더 de novo 설계 시 BoltzGen·BindCraft·RFdiffusion·Germinal 중 무엇을 쓸지 고르고 전체 파이프라인을 설계해 주는 스킬.

자동화·워크플로고급★ 163⑂ 29AI 점수 6/10마지막 업데이트: 2026. 7. 1.

무엇을 해주나

  • 타깃 종류(일반 단백질, 리간드 결합, 나노바디/VHH 등)에 따라 어떤 바인더 설계 도구를 써야 하는지 결정 트리로 안내합니다.
  • BoltzGen / BindCraft / RFdiffusion / Germinal의 장단점을 표로 비교해 트레이드오프를 정리해 줍니다.
  • 권장 파이프라인(BoltzGen → Chai 검증 → QC 필터링)을 단계별 명령과 YAML 설정 예시까지 포함해 제시합니다.
  • 필터 기준(pLDDT > 0.80, ipTM > 0.50, PAE_interface < 10, scRMSD < 2.0 Å), 단계별 설계 개수, 예상 연산 시간을 제공합니다.
  • 핫스팟 선정 실수, 다양성 부족, 타깃 전처리 오류 등 자주 하는 실수를 짚어 줍니다.

이런 분께 추천

  • 계산 단백질 공학·신약 개발 연구자, de novo 바인더 설계를 처음 기획하는 분
  • RFdiffusion/ProteinMPNN 파이프라인을 쓰다가 BoltzGen 같은 최신 all-atom 모델로 넘어갈지 고민 중인 분
  • GPU/Modal 환경에서 대규모 설계 캠페인의 규모와 일정을 잡아야 하는 분

활용 예시

  1. "이 PDB 타깃에 붙는 70~100 residue 바인더를 만들고 싶은데 어떤 도구가 맞나요?" → 결정 트리에 따라 BoltzGen 추천 + YAML 설정 초안 생성
  2. "나노바디(VHH)를 설계해야 한다" → Germinal 스킬로 분기 안내
  3. "500개 백본을 만들고 검증까지 하려면 며칠 걸리나?" → 단계별 설계 수량표와 연산 시간표로 캠페인 일정 산출

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills/HEAD/skills/adaptyv/binder-design/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 BioTender-max/awesome-bio-agent-skills 의 skills/adaptyv/binder-design 폴더를 내 ~/.claude/skills/binder-design/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r awesome-bio-agent-skills/skills/adaptyv/binder-design ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 스킬을 복사합니다: cp -r awesome-bio-agent-skills/skills/adaptyv/binder-design ~/.claude/skills/
  5. 함께 참조되는 boltzgen, rfdiffusion, bindcraft, germinal, protein-qc, pdb 스킬도 같은 방식으로 복사하면 연계가 매끄럽습니다.
  6. Claude Code를 다시 실행한 뒤 "바인더 설계 도구 골라줘"처럼 요청하면 스킬이 발동합니다.
  7. 실제 실행에는 Modal 계정과 GPU, modal_boltzgen.py 같은 실행 스크립트가 별도로 필요하니 미리 준비하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: NOASSERTION