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BindCraft 단백질 바인더 설계

AF2 검증이 내장된 BindCraft로 표적 단백질에 붙는 바인더를 처음부터 끝까지 설계하는 스킬.

데이터·분석고급★ 159⑂ 28AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 7. 1.

무엇을 해주나

표적 단백질 구조(PDB)와 핫스팟 잔기를 주면, BindCraft의 hallucination 방식으로 백본과 서열을 동시에 최적화해 바인더 후보를 대량 생성합니다. Modal 클라우드 GPU 실행 명령과 로컬 설치 방법, 핵심 파라미터(바인더 길이, 디자인 수, fast/default/slow 프로토콜), 출력 폴더 구조와 metrics.json 해석, pLDDT·ipTM 합격 기준, 캠페인별 예상 시간·비용, CUDA OOM 등 자주 나는 에러의 원인과 해결책을 표로 정리해 제공합니다.

이런 분께 추천

  • 단백질 바인더(미니바인더·나노바디 대체) 설계를 실제로 돌려보는 연구자
  • RFdiffusion·BoltzGen·ColabDesign 중 어떤 도구를 쓸지 판단 기준이 필요한 분
  • Modal 등 클라우드 GPU로 설계 캠페인을 운영하며 비용·시간을 예측하고 싶은 분

활용 예시

  • "target.pdb의 A체인 핫스팟 A45/A67/A89에 붙는 70~100aa 바인더 50개를 Modal에서 돌려줘"
  • "summary.csv에서 ipTM 0.5 이상인 디자인만 골라 합격률을 계산해줘"
  • "CUDA out of memory가 났는데 어떤 파라미터를 줄여야 하는지 알려줘"

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills/HEAD/skills/adaptyv/bindcraft/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 BioTender-max/awesome-bio-agent-skills 의 skills/adaptyv/bindcraft 폴더를 내 ~/.claude/skills/bindcraft/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r awesome-bio-agent-skills/skills/adaptyv/bindcraft ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널에서 git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git 실행
  2. mkdir -p ~/.claude/skills 로 스킬 폴더를 준비합니다.
  3. cp -r awesome-bio-agent-skills/skills/adaptyv/bindcraft ~/.claude/skills/ 로 이 스킬만 복사합니다.
  4. Claude Code를 재시작하고 "bindcraft 스킬로 바인더 설계해줘"처럼 요청해 인식되는지 확인합니다.
  5. 실제 실행에는 Modal 계정과 biomodals 저장소(modal_bindcraft.py) 또는 로컬 BindCraft 설치(GPU 32GB 이상, CUDA 11.7+)가 필요합니다.
  6. Modal을 쓰는 경우 pip install modal 후 modal setup으로 로그인하고, 결제/크레딧 설정을 마친 뒤 캠페인을 시작하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: NOASSERTION