Trợ lý giảm chiều dữ liệu UMAP-learn
Hướng dẫn dùng UMAP để nhúng dữ liệu chiều cao xuống 2D/3D, tiền xử lý cho phân cụm và các biến thể nâng cao.
Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026
Làm được gì
Skill giúp Claude hướng dẫn toàn bộ quy trình giảm chiều phi tuyến bằng UMAP.
- Giải thích 4 tham số cốt lõi:
n_neighbors,min_dist,n_components,metriccùng ảnh hưởng theo từng khoảng giá trị - Bộ cấu hình riêng cho: trực quan hóa, tiền xử lý phân cụm, và pipeline ML
- UMAP có giám sát / bán giám sát (
y=labels, nhãn thiếu ghi-1) - Quy trình UMAP + HDBSCAN kèm đánh giá Adjusted Rand Score
- Tính năng nâng cao: Parametric UMAP (mạng nơ-ron), inverse_transform, AlignedUMAP
- Mục xử lý sự cố: cụm bị phân mảnh, dữ liệu NaN, trùng tên file
umap.py
Phù hợp với ai
- Nhà nghiên cứu sinh học tính toán, phân tích scRNA-seq hoặc dữ liệu omics
- Người đang dùng t-SNE và muốn phương án nhanh hơn, giữ cấu trúc toàn cục tốt hơn
- Kỹ sư ML cần nhúng vector văn bản/ảnh trước khi phân cụm
- Người xây pipeline cần chiếu dữ liệu mới vào không gian đã học
Ví dụ sử dụng
- "Vẽ UMAP 2D cho ma trận biểu hiện gene này" → chuẩn hóa dữ liệu, chạy
UMAP(n_neighbors=15, min_dist=0.1)và sinh code vẽ scatter plot. - "Tôi muốn tìm cụm" → dùng cấu hình
n_neighbors=30, min_dist=0.0, n_components=10rồi chạy HDBSCAN, in số cụm và điểm nhiễu. - "Cần chiếu dữ liệu mới liên tục" → cảnh báo về giả định phân phối, đề xuất Parametric UMAP với encoder Keras tùy chỉnh và cách lưu/tải mô hình.
· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·
Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
- Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
- Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
- Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
Cài vào Claude Code
Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code
Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart. Copy thư mục skills/umap-learn từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/umap-learn/ của mình. Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.
Cài bằng lệnh thủ công
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/umap-learn ~/.claude/skills/⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.
- Mở terminal.
- Tải kho skill:
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git - Tạo thư mục skill:
mkdir -p ~/.claude/skills - Sao chép skill:
cp -r scientific-agent-skills/skills/umap-learn ~/.claude/skills/ - Cài thư viện Python:
pip install umap-learn hdbscan scikit-learn matplotlib(nên kiểm tra phiên bản ổn định mới nhất trên PyPI thay vì ghim theo con số trong tài liệu). - Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "Giảm chiều dữ liệu này bằng UMAP giúp tôi".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT