Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Hướng dẫn chú giải loại tế bào scRNA-seq

Skill hướng dẫn gán nhãn loại tế bào cho dữ liệu single-cell RNA-seq theo ba hướng: marker thủ công, tự động và chuyển nhãn từ atlas tham chiếu.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 361⑂ 36Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 29 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Chuẩn hóa quy trình chú giải loại tế bào cho dữ liệu single-cell RNA-seq.
  • So sánh và chọn giữa ba hướng: marker thủ công (Scanpy/Seurat), phân loại tự động (CellTypist), chuyển nhãn tham chiếu (scArches/scANVI/Azimuth/SingleR) qua cây quyết định và bảng tình huống.
  • Quy trình 4 bước: QC → khảo sát marker → kiểm chứng bằng công cụ tự động → tinh chỉnh bằng tham chiếu, kèm đoạn mã Python thực tế.
  • Liệt kê 7 cạm bẫy thường gặp (cụm doublet, RNA nền, cụm nhỏ bị suy diễn quá mức, lệch tham chiếu, lẫn lộn trạng thái với loại tế bào...) và cách tránh.
  • Kèm danh sách gene marker cho dòng miễn dịch, biểu mô, mô đệm và checklist kiểm định cuối cùng.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học làm phân tích scRNA-seq
  • Người đã clustering xong bằng Scanpy/Seurat nhưng chưa biết gán nhãn thế nào
  • Người cần tiêu chí kiểm chứng kết quả từ công cụ chú giải tự động
  • Người cần ghi lại căn cứ và mức tin cậy của nhãn để viết bài báo

Ví dụ sử dụng

  1. "Dữ liệu PBMC 150k tế bào thì nên chú giải kiểu nào?" → theo cây quyết định: dùng CellTypist rồi đối chiếu dot plot marker.
  2. "Cụm leiden số 7 biểu hiện cả CD3D và CD14" → chẩn đoán khả năng doublet, hướng dẫn chạy lại Scrublet và loại cụm.
  3. "Có thể dùng tham chiếu người cho dữ liệu cá ngựa vằn không?" → cảnh báo rủi ro lệch loài, đề xuất dùng marker thủ công kèm mapping ortholog.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills/HEAD/legacy/single-cell-annotation/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục legacy/single-cell-annotation từ repo GitHub jaechang-hits/SciAgent-Skills vào ~/.claude/skills/single-cell-annotation/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r SciAgent-Skills/legacy/single-cell-annotation ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Tải repo: git clone https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép skill này: cp -r SciAgent-Skills/legacy/single-cell-annotation ~/.claude/skills/
  5. Khởi động lại Claude Code và kiểm tra single-cell-annotation có trong danh sách skill.
  6. Khi dùng, hãy nói rõ ví dụ: "Dùng skill chú giải single-cell để lên chiến lược gán nhãn cho dữ liệu này".
  7. Muốn chạy các đoạn mã mẫu, cần tự cài scanpy, celltypist, scarches trong môi trường Python.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: NOASSERTION