Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích biểu hiện gen khác biệt với PyDESeq2

Skill giúp thực hiện trọn quy trình phân tích biểu hiện gen khác biệt (DE) cho dữ liệu bulk RNA-seq bằng PyDESeq2.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm gì

Hướng dẫn Claude thiết kế và chạy toàn bộ pipeline DESeq2 bằng Python (PyDESeq2) cho dữ liệu đếm bulk RNA-seq.

  • Nạp ma trận counts và metadata, chuyển vị đúng chiều (mẫu × gen), lọc gen biểu hiện thấp
  • Khai báo công thức thiết kế formulaic (~condition, ~batch + condition, số hạng tương tác) và mức tham chiếu
  • Ước lượng size factor, dispersion, khớp GLM rồi kiểm định Wald với hiệu chỉnh FDR Benjamini-Hochberg
  • Thu nhỏ LFC (apeGLM) để xếp hạng và trực quan hóa
  • Vẽ volcano plot, MA plot, phân bố p-value để kiểm tra chất lượng
  • Xuất kết quả CSV và AnnData/H5AD; có sẵn script CLI scripts/run_deseq2_analysis.py để chạy hàng loạt

Tài liệu còn có phần xử lý sự cố: lệch chỉ mục mẫu, ma trận thiết kế không đủ hạng, không có gen ý nghĩa.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu tin sinh muốn chuyển workflow DESeq2 từ R sang Python
  • Người phân tích thí nghiệm có thiết kế đa yếu tố, cần hiệu chỉnh batch/hiệp biến
  • Phòng lab cần lặp lại cùng một quy trình cho nhiều bộ dữ liệu

Ví dụ sử dụng

  1. "Dùng counts.csv và metadata.csv, so sánh treated vs control và liệt kê gen có padj<0.05, |log2FC|>1"
  2. "Nghi ngờ hiệu ứng batch: chạy lại với thiết kế ~batch + condition và kiểm tra confounding bằng crosstab"
  3. "Xuất volcano plot và MA plot 300dpi, sau đó thu nhỏ LFC và cho tôi bảng 20 gen hàng đầu"

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pydeseq2 từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pydeseq2/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/pydeseq2 ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone kho: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Chép skill này vào: cp -r scientific-agent-skills/skills/pydeseq2 ~/.claude/skills/
  4. Chuẩn bị môi trường Python 3.11+ rồi cài phụ thuộc: uv pip install pydeseq2==0.5.4 matplotlib seaborn
  5. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "Dùng skill pydeseq2 phân tích biểu hiện khác biệt cho dữ liệu RNA-seq của tôi"
  6. Trước khi chạy, hãy kiểm tra tên mẫu trong file counts và metadata trùng khớp hoàn toàn.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT