Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích làm giàu con đường (Pathway Enrichment)

Chạy và diễn giải phân tích làm giàu GO/KEGG/Reactome/MSigDB (ORA và GSEA) từ danh sách gene hoặc bảng gene đã xếp hạng.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Nhận một tập gene (DEG từ PyDESeq2/Scanpy, hit CRISPR screen, marker cụm, kết quả proteomics) và cho biết con đường sinh học nào được làm giàu.

  • ORA: kiểm định Fisher/siêu bội trên danh sách gene đã lọc ngưỡng (Enrichr, g:Profiler)
  • GSEA preranked: dùng toàn bộ danh sách xếp hạng (ví dụ cột stat của DESeq2)
  • ssGSEA/GSVA: điểm hoạt động con đường theo từng mẫu/tế bào
  • Kèm chuyển đổi ID gene, chọn background đúng, hiệu chỉnh đa kiểm định, gộp thuật ngữ GO trùng, vẽ dotplot/enrichment map và xuất bảng cho bài báo

Có sẵn scripts/run_enrichment.py chạy trọn quy trình và xuất bảng + biểu đồ.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu RNA-seq / single-cell cần bước diễn giải sinh học sau phân tích khác biệt biểu hiện
  • Học viên cao học phân vân giữa ORA và GSEA, hoặc chưa biết chọn background
  • Nhóm cần quy trình làm giàu tái lập được, đủ chuẩn để công bố

Ví dụ sử dụng

  1. "Chạy GSEA preranked từ deseq2_results.csv với Hallmark và GO:BP" → tự tạo rank từ stat, chạy gp.prerank, xuất bảng NES/FDR
  2. "ORA cho 350 gene này trên KEGG và Reactome, background là toàn bộ gene biểu hiện" → dùng g:Profiler với domain_scope='custom'
  3. "Kết quả GO có 40 thuật ngữ na ná nhau" → gộp bằng enrichment map / leading-edge và chỉ báo cáo thuật ngữ đại diện

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pathway-enrichment từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pathway-enrichment/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/pathway-enrichment ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở Terminal.
  2. Tải mã nguồn: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Sao chép thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/pathway-enrichment ~/.claude/skills/
  4. Cài thư viện Python: uv pip install gseapy gprofiler-official (hoặc dùng pip).
  5. Cần kết nối mạng cho Enrichr, g:Profiler, MSigDB. Nếu offline hoàn toàn, dùng file GMT cục bộ với gp.enrich().
  6. Khởi động lại Claude Code và thử: "phân tích làm giàu GO cho danh sách gene của tôi".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT