Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Giám sát biến thể mầm bệnh (Pathogen Variant Surveillance)

Truy vấn trực tiếp API GenSpectrum LAPIS để biết dòng virus nào đang lưu hành, tăng nhanh ra sao và mang những đột biến nào.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Kỹ năng này truy vấn dữ liệu giám sát gen theo thời gian thực cho SARS-CoV-2, H5N1, cúm A, RSV, mpox, sởi, dengue, Ebola... qua các phiên bản API GenSpectrum LAPIS công khai. Nguyên tắc cốt lõi: không bao giờ nêu tên dòng (lineage) từ ký ức của mô hình — mọi con số đều là kết quả đếm từ máy chủ trực tiếp, kèm phiên bản dữ liệu.

Bốn script Python (chỉ dùng thư viện chuẩn):

  • resolve_lineage.py — tên dòng còn hiệu lực không, alias giải ra thành gì, đã bị rút hay đổi tên chưa
  • lineage_prevalence.py — tỷ lệ theo tuần kèm khoảng tin cậy Wilson và độ dốc tăng trưởng
  • mutation_profile.py — hồ sơ đột biến, so sánh hai dòng, chế độ nucleotide cho câu hỏi về primer/probe
  • reporting_lag.py — đường cong độ trễ báo cáo để biết dữ liệu tin được đến mốc nào

Script tự đọc databaseConfig lúc chạy nên không giả định tên trường, và tài liệu liệt kê 10 cái bẫy dễ tạo ra kết quả sai một cách âm thầm.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu bệnh truyền nhiễm cần trích dẫn tên dòng và tỷ lệ lưu hành trong bài báo
  • Người phát triển xét nghiệm cần kiểm tra primer/probe PCR còn khớp với chuỗi đang lưu hành
  • Chuyên viên phân tích dịch tễ, y tế công cộng, tin sinh học
  • Bất kỳ ai muốn tránh việc AI đưa ra tên dòng đã lỗi thời hoặc đã bị rút

Ví dụ sử dụng

  1. "Biến thể nào đang chiếm ưu thế ở Mỹ?" → chạy lineage_prevalence.py --top 5 --where country=USA --weeks 12 để khám phá từ dữ liệu thay vì đoán tên trước.
  2. Kiểm tra danh sách dòng trước khi gửi bản thảo → resolve_lineage.py XFG.23.1.3 PQ.17 PC.2; nếu có tên bị rút, script trả exit code 1 để chặn lỗi.
  3. Đánh giá primer → mutation_profile.py "XFJ*" --versus "XFG*" --nucleotide xem vùng đích có đột biến mới không.
  4. Xác định độ tin cậy dữ liệu gần đây → reporting_lag.py --where country=USA; với H5N1 có thể phải chờ tới 2 tháng dữ liệu mới đủ.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pathogen-variant-surveillance từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pathogen-variant-surveillance/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/pathogen-variant-surveillance ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và kiểm tra Python: python3 --version (cần 3.11 trở lên).
  2. Tải mã nguồn: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/pathogen-variant-surveillance ~/.claude/skills/
  5. Đảm bảo máy truy cập được lapis.cov-spectrum.org, lapis.genspectrum.org, lapis.pathoplexus.org và raw.githubusercontent.com. Không cần API key.
  6. Khởi động lại Claude Code, rồi hỏi ví dụ: "Dòng SARS-CoV-2 nào đang lưu hành hiện nay?"
  7. Muốn chạy tay: cd ~/.claude/skills/pathogen-variant-surveillance/scripts && python3 lineage_prevalence.py --top 5 --weeks 12
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT