Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Quy trình bệnh học tính toán PathML

Skill nghiên cứu giúp dùng PathML 3.0.5 để tile ảnh WSI, xây pipeline tiền xử lý/QC, định lượng multiplex, tạo đồ thị không gian và lập kế hoạch suy luận cục bộ an toàn.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Hướng dẫn cài đặt tái lập được: uv + Python 3.11, cài pathml==3.0.5, kèm thư viện hệ thống OpenSlide, BLAS/LAPACK, Java/Bio-Formats.
  • Cung cấp mẫu API ổn định (HESlide, Pipeline, SlideData.run()) và cảnh báo các API không tồn tại trong 3.0.5.
  • Quy trình nghiên cứu 8 bước: kiểm kê dữ liệu, đóng băng split theo bệnh nhân, ước lượng tài nguyên, thử nghiệm tiền xử lý, giữ nguyên toạ độ tile, dựng dữ liệu không gian, suy luận theo batch, báo cáo provenance.
  • Kèm các CLI cục bộ: kiểm tra manifest slide, ước lượng số tile/RAM, QC ảnh, kiểm tra schema đồ thị/multiplex, lập kế hoạch suy luận.
  • Ràng buộc an toàn: khử nhận dạng dữ liệu bệnh nhân, mặc định không truy cập mạng, cảnh báo checkpoint pickle/.pt, xác minh SHA-256 cho model ONNX.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học làm bệnh học số với ảnh WSI hoặc dữ liệu multiplex CODEX/Vectra.
  • Kỹ sư bioimaging phải tuân thủ quy định dữ liệu bệnh nhân của bệnh viện/viện nghiên cứu.
  • Nhóm ML y sinh cần tránh rò rỉ dữ liệu và bảo đảm khả năng tái lập.

Ví dụ sử dụng

  1. "Chạy pipeline phát hiện mô + làm mờ cho slide .svs này và lưu ra .h5path" → sinh code API ổn định với tile 512/stride 512.
  2. "Slide 100000×80000 chia tile 512 thì cần bao nhiêu tile và RAM?" → chạy scripts/plan_pipeline.py và đưa ra kế hoạch.
  3. "Kiểm tra file cells.csv và graph.json có đúng schema không" → dùng validate_spatial_schema.py để soát thứ tự kênh và khớp đặc trưng nút.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pathml/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pathml từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pathml/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/pathml ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và chuyển tới thư mục bạn muốn tải mã nguồn.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/pathml ~/.claude/skills/
  5. Kiểm tra tồn tại ~/.claude/skills/pathml/SKILL.md cùng thư mục references/ và scripts/.
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "Dùng PathML dựng pipeline tiền xử lý slide".
  7. Trước khi chạy thật, cài thư viện hệ thống (OpenSlide, JDK 17, BLAS/LAPACK) và uv pip install "pathml==3.0.5" trong môi trường ảo Python 3.11.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT