Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Tích hợp OMERO (dữ liệu hiển vi)

Truy vấn, xuất metadata và lập kế hoạch chuyển dữ liệu hiển vi trên OMERO.server một cách an toàn bằng omero-py và BlitzGateway.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 7/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Kết nối tới OMERO.server – nền tảng quản lý ảnh sinh học – để duyệt cấu trúc Project/Dataset/Image, xuất metadata (tag, map annotation, ROI, bảng dữ liệu) ra JSON có giới hạn rõ ràng. Tài liệu chỉ rõ khi nào dùng BlitzGateway (Python), OMERO CLI hay API công khai của OMERO.web, kèm quy trình dựng môi trường client tái lập được (OMERO.py 5.22.1 + IcePy 3.6.5, khuyến nghị Python 3.12).

Điểm mạnh nhất là bộ quy tắc an toàn: chỉ đọc thông tin đăng nhập từ biến OMERO_* được khai báo, không bao giờ đưa mật khẩu/session key vào tham số lệnh, log hay output; các script từ xa mặc định chạy dry-run và cần cờ --execute. Mọi thao tác ghi (tạo annotation, import, xóa) đều phải xác nhận ID mục tiêu cụ thể.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu lưu trữ ảnh hiển vi trên OMERO và cần trích xuất danh mục/metadata định kỳ
  • Quản trị viên dữ liệu tại core imaging facility, người lập kế hoạch import/export
  • Nhóm cần kiểm soát chặt phạm vi truy cập để tránh rò rỉ ảnh chưa công bố

Ví dụ sử dụng

  1. "Liệt kê 25 ảnh đầu tiên trong Project 42" → inventory.py tạo bản kiểm kê chỉ-đọc theo trang, xuất JSON
  2. "Xuất tag và ROI của ảnh 1011, 1012, không tải pixel" → export_image_metadata.py với giới hạn theo từng loại và mặc định che dữ liệu nhạy cảm
  3. "Xem trước kế hoạch import từ thư mục cục bộ" → plan_transfer.py chạy hoàn toàn offline, không gọi tới server

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/omero-integration từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/omero-integration/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/omero-integration ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và tải mã nguồn: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Chép thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/omero-integration ~/.claude/skills/
  3. Tạo môi trường Python 3.12: uv venv --python 3.12 .venv && source .venv/bin/activate
  4. Tải đúng wheel zeroc_ice-3.6.5 khớp hệ điều hành và phiên bản Python từ tài liệu chính thức của OMERO rồi cài đặt (không dùng Ice 3.7).
  5. Cài client: uv pip install "omero-py==5.22.1"
  6. Khai báo biến môi trường: export OMERO_HOST=..., OMERO_PORT=4064, OMERO_USER=...; mật khẩu nên nạp qua secret manager, tránh lưu vào lịch sử shell.
  7. Khởi động lại Claude Code, thử python -B ~/.claude/skills/omero-integration/scripts/validate_config.py --help để kiểm tra cấu hình trước khi kết nối thật.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT