Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Kỹ năng ESM cho mô hình ngôn ngữ protein

Hướng dẫn dùng SDK `esm` với ESM3, ESM C, ESMFold2 và API Forge/Biohub để sinh chuỗi, dự đoán cấu trúc và trích xuất embedding protein.

Lập trìnhNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

  • Cung cấp mẫu mã cụ thể cho các tác vụ protein bằng SDK esm: sinh/hoàn thiện chuỗi với ESM3, dự đoán cấu trúc, inverse folding (từ cấu trúc ra chuỗi), trích embedding bằng ESM C, sinh có điều kiện theo chú thích chức năng và tinh chỉnh nhiều bước kiểu chain-of-thought.
  • Tóm tắt cách chọn model: trọng số mở chạy cục bộ (esm3-open, esmc_300m/600m) so với model host trên Forge/Biohub (esm3-medium-2024-08, esm3-large-2024-03, esmc-6b-2024-12).
  • Nêu rõ quy trình xác thực qua biến môi trường ESM_API_KEY, lệnh cài đặt (yêu cầu Python 3.12, tùy chọn flash-attn) và mẫu xử lý lô bất đồng bộ.
  • Kèm thư mục references/ với tài liệu chi tiết về ESM3 API, ESM C API, Forge API, nền tảng Biohub/ESMFold2 và các workflow mẫu.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu kỹ thuật protein, phát triển thuốc, sinh học cấu trúc và kỹ sư ML sinh học.
  • Lập trình viên xây dựng pipeline sinh chuỗi hoặc embedding bằng ESM3/ESM C.
  • Nhóm đang chuyển từ Forge sang nền tảng Biohub.

Ví dụ sử dụng

  1. "Điền các vị trí bị mask trong chuỗi MPRT___KEND bằng esm3-open" → sinh mã với GenerationConfig(track="sequence").
  2. "Trích embedding cho 3.000 protein để phân cụm" → script batch dùng ESMC.from_pretrained("esmc_300m") và LogitsConfig(return_embeddings=True).
  3. "Thiết kế protein phát quang theo chain-of-thought rồi dự đoán cấu trúc" → pipeline cấu trúc → chuỗi → chức năng.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/esm/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/esm từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/esm/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/esm ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục kỹ năng nếu chưa có: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/esm ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra thư mục ~/.claude/skills/esm/references/ đã có các tài liệu tham chiếu.
  5. Chuẩn bị môi trường Python 3.12 và cài SDK: uv pip install "esm==3.2.3" (nếu có GPU NVIDIA, thêm uv pip install flash-attn --no-build-isolation).
  6. Nếu dùng model host, lấy API key ở console Biohub/Forge rồi đặt export ESM_API_KEY=khoá_của_bạn (không ghi trực tiếp vào code).
  7. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu như "dùng ESM3 sinh chuỗi protein" để xác nhận kỹ năng được kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT