Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Kỹ năng ESM cho mô hình ngôn ngữ protein

Hướng dẫn viết code chính xác với ESM3, ESMC và API Forge/Biohub để sinh, gấp và nhúng protein.

Lập trìnhNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Giúp Claude dùng đúng lớp, đúng model ID và tham số của SDK Python esm (EvolutionaryScale).

  • Sinh chuỗi với ESM3: điền vị trí bị mask (_), tạo biến thể, thiết kế theo chức năng
  • Dự đoán cấu trúc / inverse folding: lấy toạ độ 3D, xuất PDB, thiết kế chuỗi từ cấu trúc
  • Nhúng với ESMC: esmc_300m, esmc_600m chạy local, xử lý theo lô
  • Suy luận hosted Forge/Biohub: esm.sdk.client() với ESM_API_KEY, batch bất đồng bộ qua async_generate
  • Bảng chọn model: từ open-weights 1.4B đến 98B, so sánh chất lượng, tốc độ, chi phí
  • Tài liệu tham chiếu: các file references cho ESM3, ESMC, Forge, Biohub/ESMFold2 và workflow mẫu

Kỹ năng cũng nhắc không hardcode API key và tuân thủ khung Responsible Biodesign.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu kỹ thuật protein, thiết kế thuốc
  • ML engineer dùng embedding protein làm đặc trưng
  • Dev xây pipeline suy luận số lượng lớn qua Forge/Biohub
  • Nhóm cần tích hợp ESM3/ESMC vào pipeline nội bộ

Ví dụ sử dụng

  1. "Thiết kế protein phát quang kiểu GFP bằng chain-of-thought" → tạo code sinh lần lượt track cấu trúc → chuỗi → chức năng.
  2. "Tính embedding ESMC cho 2000 chuỗi FASTA rồi phân cụm" → gợi ý vòng lặp batch với LogitsConfig(return_embeddings=True) và chiến lược cache.
  3. "Từ target.pdb sinh 10 chuỗi bằng inverse folding" → script dùng ESMProtein.from_pdb() và điều chỉnh temperature để tăng đa dạng.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/esm từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/esm/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/esm ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Copy riêng kỹ năng ESM: cp -r scientific-agent-skills/skills/esm ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra đã có ~/.claude/skills/esm/SKILL.md và thư mục references/.
  5. Chuẩn bị môi trường Python 3.12: uv venv --python 3.12 && uv pip install "esm==3.2.3"
  6. Nếu dùng API hosted, tạo key ở Biohub/Forge console rồi đặt biến môi trường: export ESM_API_KEY=key_cua_ban (đừng ghi trực tiếp vào code).
  7. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu "viết code sinh chuỗi protein bằng ESM3" để kích hoạt kỹ năng.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT