Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Skill Docking Phân Tử DiffDock

Dự đoán pose liên kết protein–phân tử nhỏ bằng DiffDock/DiffDock-L và giải thích điểm confidence.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Giúp được gì

  • Dựng lệnh inference DiffDock chính xác từ file PDB hoặc chuỗi acid amin kết hợp SMILES/SDF/MOL2.
  • Hướng dẫn docking đơn lẻ, docking hàng loạt bằng CSV và sàng lọc ảo (kèm tiền tính embedding ESM).
  • Giải thích file kết quả rank/confidence và ngưỡng tin cậy (>0 cao, -1.5 đến 0 trung bình, <-1.5 thấp).
  • Tinh chỉnh tham số (samples_per_complex, inference_steps, temperature xoắn), docking ensemble và kết hợp GNINA/MM-GBSA để tính ái lực.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu hóa tin, tin sinh học làm thiết kế thuốc dựa trên cấu trúc.
  • Người dùng có GPU CUDA và biết dùng conda hoặc Docker.
  • Người phụ trách sàng lọc ảo cần tạo và xếp hạng nhiều pose.

Ví dụ sử dụng

  1. "Dock aspirin vào file PDB này" → chạy python -m inference --protein_path protein.pdb --ligand_description "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O" rồi đọc pose rank1.
  2. Sàng lọc thư viện 200 hợp chất: kiểm tra CSV → tiền tính embedding → chạy batch → analyze_results.py --export summary.csv.
  3. Docking ensemble một ligand vào 3 conformer protein để tìm pose đồng thuận.

Lưu ý: không dự đoán ái lực liên kết (ΔG, Kd), không dùng cho docking protein–protein, docking cộng hóa trị hay peptide dài.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/diffdock/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/diffdock từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/diffdock/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/diffdock ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Clone repo skill: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Sao chép skill: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/diffdock ~/.claude/skills/
  4. Cài DiffDock gốc: git clone https://github.com/gcorso/DiffDock.git && cd DiffDock && conda env create --file environment.yml && conda activate diffdock (hoặc docker pull rbgcsail/diffdock).
  5. Chạy python scripts/setup_check.py để kiểm tra PyTorch, CUDA, RDKit.
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "dock ligand này vào protein này".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT