Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

DiffDock – Docking phân tử

Skill giúp dự đoán tư thế liên kết protein–phân tử nhỏ bằng mô hình khuếch tán DiffDock/DiffDock-L và diễn giải điểm tin cậy.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm được gì

  • Sinh đúng câu lệnh DiffDock để dự đoán tư thế liên kết 3D từ file PDB (hoặc chuỗi acid amin) kết hợp ligand dạng SMILES/SDF/MOL2.
  • Hỗ trợ docking một phức hợp, docking theo lô bằng file CSV, và sàng lọc ảo quy mô lớn (có bước tính trước embedding ESM).
  • Phân tích các file rank*_confidence*.sdf, phân loại độ tin cậy thành Cao/Trung bình/Thấp và xuất bảng tổng hợp CSV.
  • Tinh chỉnh tham số then chốt (samples_per_complex, inference_steps, nhiệt độ xoắn) theo mục tiêu: độ chính xác cao, sàng lọc nhanh, ligand linh hoạt hay cứng.
  • Hướng dẫn kết nối với GNINA, MM/GBSA, FEP để chấm điểm ái lực, đồng thời nêu rõ giới hạn (không dự đoán ái lực, không docking protein–protein).

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu hóa tính toán, sinh học hóa học làm thiết kế thuốc dựa trên cấu trúc.
  • Nhóm R&D dược/biotech cần sàng lọc ảo thư viện hợp chất.
  • Người dùng trung–cao cấp quen với Conda, PyTorch và GPU CUDA.

Ví dụ sử dụng

  1. "Dock SMILES aspirin này vào protein.pdb" → skill tạo lệnh python -m inference --protein_path ... --ligand_description ... và giải thích kết quả.
  2. "Sàng lọc 200 hợp chất trên một đích" → tạo và kiểm tra CSV theo lô, tính trước embedding ESM, chạy batch, xuất top 20 tư thế.
  3. "Tại sao mọi tư thế đều có confidence khoảng -2?" → chẩn đoán nguyên nhân (ligand lớn, protein linh hoạt) và đề xuất tăng số mẫu hoặc ensemble docking.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/diffdock từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/diffdock/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/diffdock ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Cài DiffDock gốc: git clone https://github.com/gcorso/DiffDock.git, rồi cd DiffDock && conda env create --file environment.yml && conda activate diffdock (hoặc dùng docker pull rbgcsail/diffdock).
  2. Kiểm tra GPU: python -c "import torch; print(torch.cuda.is_available())" — cần True để chạy đủ nhanh.
  3. Tải skill: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  4. Sao chép vào thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/diffdock ~/.claude/skills/
  5. Khởi động lại Claude Code và mở terminal ngay trong thư mục DiffDock.
  6. Nói "kiểm tra môi trường DiffDock" để skill chạy scripts/setup_check.py và báo thiếu thư viện nào.
  7. Sau đó chỉ cần yêu cầu bằng ngôn ngữ tự nhiên như "dock ligand này vào protein này".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT