Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Dự đoán cấu trúc Boltz

Dùng Boltz-1/Boltz-2 mã nguồn mở để dự đoán cấu trúc phức protein–protein, protein–ligand và kiểm định binder thiết kế.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 178⑂ 32Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 1 thg 7, 2026

Làm được gì

  • Dự đoán cấu trúc phân tử sinh học bằng Boltz-1/Boltz-2 (mã nguồn mở, thay thế AlphaFold2).
  • Hai cách chạy: GPU đám mây qua Modal (modal run modal_boltz.py) hoặc cài cục bộ pip install boltz rồi boltz predict.
  • Bảng tham số chính: --recycling_steps, --sampling_steps, --use_msa_server kèm giá trị mặc định và khoảng hợp lệ.
  • Giải thích đầu ra (model CIF, confidence.json, ma trận PAE), ngưỡng đạt pTM > 0.7 / ipTM > 0.5 / pLDDT > 0.7 và đoạn mã Biopython chuyển CIF sang PDB.
  • Bảng lỗi thường gặp: hết VRAM CUDA, thiếu iptm do chỉ có một chuỗi, chưa tải trọng số, acid amin không chuẩn.
  • Cây quyết định so sánh Boltz với Chai, ColabFold, ESMFold và bảng ước tính thời gian/chi phí theo số lượng phức.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu thiết kế protein cần kiểm định binder bằng cấu trúc
  • Nhóm muốn tránh ràng buộc giấy phép của AF2, ưu tiên trọng số mở
  • Kỹ sư tin sinh có GPU ≥24GB hoặc dùng GPU serverless như Modal

Ví dụ sử dụng

  1. "Dự đoán cấu trúc cặp target–binder trong complex.fasta và loại bỏ kết quả ipTM < 0.5"
  2. "Chạy 500 phức trên Modal mất bao lâu, tốn bao nhiêu?" → khoảng 2–3 giờ, ~$35 theo bảng hiệu năng
  3. "Gặp lỗi CUDA out of memory" → chuyển sang chế độ không MSA hoặc dùng A100-80GB, giảm sampling_steps

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills/HEAD/skills/adaptyv/boltz/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/adaptyv/boltz từ repo GitHub BioTender-max/awesome-bio-agent-skills vào ~/.claude/skills/boltz/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git /tmp/abas && mkdir -p ~/.claude/skills/boltz && cp -r /tmp/abas/skills/adaptyv/boltz/* ~/.claude/skills/boltz/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và tải mã: git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills/boltz
  3. Sao chép tệp: cp -r awesome-bio-agent-skills/skills/adaptyv/boltz/* ~/.claude/skills/boltz/
  4. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu "dùng boltz dự đoán cấu trúc phức này".
  5. Chuẩn bị môi trường chạy thật: Python 3.10+, CUDA 12+, VRAM ≥24GB; cài pip install boltz rồi boltz download để lấy trọng số.
  6. Nếu dùng đám mây: tạo tài khoản Modal, chạy pip install modal && modal setup, sau đó dùng modal_boltz.py trong repo biomodals.
  7. Lưu ý FASTA phải có từ 2 chuỗi trở lên (>protein_A, >protein_B) để có điểm ipTM cho bề mặt tiếp xúc.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: NOASSERTION