Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Arboreto – Suy luận mạng điều hòa gene

Skill hướng dẫn Claude suy luận mối quan hệ yếu tố phiên mã – gene đích từ dữ liệu biểu hiện bằng GRNBoost2/GENIE3.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 7/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm gì

Hướng dẫn Claude dùng thư viện Arboreto để suy luận mạng điều hòa gene (GRN) từ ma trận biểu hiện (bulk RNA-seq hoặc single-cell RNA-seq).

  • So sánh và chọn giữa GRNBoost2 (gradient boosting, nhanh) và GENIE3 (random forest, kinh điển)
  • Giới hạn ứng viên bằng danh sách yếu tố phiên mã, đặt limit, seed
  • Chạy song song trên nhiều core hoặc cụm Dask từ xa
  • Đọc kết quả DataFrame (TF, target, importance) và lọc liên kết đáng tin cậy
  • Kết nối với pipeline pySCENIC, chuyển AnnData sang DataFrame, đảm bảo tái lập kết quả

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu tin sinh học phân tích transcriptomics
  • Người dùng pySCENIC cần bước suy luận module đồng biểu hiện
  • Người phải xử lý dữ liệu hàng chục nghìn tế bào bằng tính toán phân tán

Ví dụ sử dụng

  1. "Suy luận mạng từ scrna_counts.tsv và chỉ giữ liên kết importance > 0.5" → Claude viết script có cố định seed
  2. "Chỉ dùng các TF trong human_tfs.txt cho dữ liệu bulk RNA-seq" → dùng load_tf_names và tham số tf_names
  3. "So sánh mạng giữa control và treatment 24h/48h" → vòng lặp theo điều kiện, kèm phân tích đồng thuận nhiều seed

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/arboreto từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/arboreto/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/arboreto ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và chuyển tới thư mục bạn muốn lưu skill.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Copy skill vào thư mục của Claude Code: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/arboreto ~/.claude/skills/
  4. Cài thư viện Python: uv pip install arboreto (hoặc conda install -c bioconda arboreto)
  5. Khởi động lại Claude Code rồi yêu cầu ví dụ: "dùng arboreto suy luận GRN cho dữ liệu của tôi".
  6. Khi chạy script, luôn đặt lời gọi trong if __name__ == '__main__': vì Dask sinh tiến trình mới.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT