Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Arboreto — Suy luận mạng điều hòa gen

Skill hướng dẫn Claude dùng arboreto (GRNBoost2/GENIE3) để suy luận mạng điều hòa gen từ dữ liệu biểu hiện gen.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 41,485⑂ 3,824Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 31 thg 8, 2026

Skill này làm gì

  • Hỗ trợ viết và chạy code dùng thư viện arboreto để suy luận mạng điều hòa gen (GRN) từ ma trận biểu hiện (tế bào/mẫu × gen).
  • Đưa ra tiêu chí chọn giữa GRNBoost2 (gradient boosting, nhanh) và GENIE3 (Random Forest, kinh điển).
  • Hướng dẫn tính toán phân tán với Dask: LocalCluster, kết nối scheduler từ xa, và lưu ý bắt buộc phải có if __name__ == '__main__'.
  • Giải thích kết quả (TF, target, importance), cách lọc ngưỡng, đặt seed để tái lập, phân tích đồng thuận nhiều seed và tích hợp pySCENIC.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học làm việc với RNA-seq đơn tế bào hoặc bulk RNA-seq.
  • Người muốn kiểm soát trực tiếp bước suy luận GRN trong pipeline pySCENIC.
  • Người cần mở rộng tính toán trên nhiều lõi CPU hoặc cluster cho ma trận biểu hiện lớn.

Ví dụ sử dụng

  1. Đọc scrna_counts.tsv, chạy GRNBoost2, giữ các liên kết importance > 0.5 và xuất mạng GRN tin cậy cao.
  2. Giới hạn danh sách yếu tố phiên mã người (human_tfs.txt) để tạo mạng TF–gen đích từ dữ liệu TPM bulk RNA-seq.
  3. Suy luận mạng riêng cho từng điều kiện control / treatment_24h / treatment_48h rồi so sánh thay đổi quan hệ điều hòa.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/arboreto/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/arboreto từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/arboreto/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/arboreto ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone kho skill: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Sao chép skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/arboreto ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra trong ~/.claude/skills/arboreto có SKILL.md, thư mục references/ và scripts/.
  5. Cài thư viện Python: uv pip install arboreto (hoặc conda install -c bioconda arboreto).
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "Dùng arboreto suy luận GRN từ ma trận biểu hiện của tôi".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT