Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Xác thực cấu trúc protein bằng AlphaFold

Kỹ năng dự đoán và xác thực cấu trúc protein/phức hợp thiết kế bằng AlphaFold2 và ColabFold, kèm ngưỡng đánh giá độ tin cậy.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 146⑂ 27Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 1 thg 7, 2026

Kỹ năng này làm gì

  • Dự đoán xem chuỗi protein bạn thiết kế có gập đúng như mong đợi hay không bằng AlphaFold2.
  • Dự đoán cấu trúc phức hợp binder–target nhiều chuỗi với ColabFold/AlphaFold-Multimer.
  • Trích xuất và diễn giải các chỉ số tin cậy: pLDDT, pTM, ipTM, PAE (chuẩn tốt: pLDDT>85, pTM>0.70, ipTM>0.50, PAE giao diện <10).
  • Cây quyết định chọn giữa cài local / ColabFold / Modal GPU, cùng bảng lỗi thường gặp (CUDA OOM, thiếu database MSA, timeout) và cách khắc phục.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu sinh học tính toán làm thiết kế protein, sàng lọc binder.
  • Nhóm cần kiểm tra self-consistency cho các thiết kế de novo.
  • Người muốn chạy hàng trăm–hàng nghìn chuỗi theo lô trên GPU cloud (Modal).

Ví dụ sử dụng

  1. "Chạy 100 chuỗi binder này qua ColabFold multimer và chỉ giữ lại các mẫu có ipTM > 0.5."
  2. "Đọc result_model_1.pkl, lấy pLDDT và PAE rồi lập bảng tổng hợp."
  3. "Bị lỗi CUDA out of memory thì xử lý thế nào?" → gợi ý dùng A100 hoặc chuyển sang MSA server của ColabFold.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills/HEAD/skills/adaptyv/alphafold/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/adaptyv/alphafold từ repo GitHub BioTender-max/awesome-bio-agent-skills vào ~/.claude/skills/alphafold/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r awesome-bio-agent-skills/skills/adaptyv/alphafold ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Clone repo kỹ năng: git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Sao chép kỹ năng: cp -r awesome-bio-agent-skills/skills/adaptyv/alphafold ~/.claude/skills/
  4. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu "dùng skill alphafold để kiểm tra chuỗi này".
  5. Để chạy thật, cần chuẩn bị: Python 3.10+, CUDA 11+, GPU từ 32GB (khuyến nghị A100), tài khoản Modal và repo biomodals (dùng modal run modal_colabfold.py).
  6. Nếu muốn chạy nội bộ: git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git và tải database MSA (hàng trăm GB). Nếu thiếu dung lượng, hãy dùng MSA server của ColabFold.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: NOASSERTION