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Medchem 화합물 필터링

Lipinski·PAINS·NIBR 등 의약화학 규칙과 쿼리 언어로 화합물 라이브러리를 자동 선별하는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

오픈소스 파이썬 라이브러리 medchem을 Claude가 능숙하게 다루도록 만들어 주는 스킬입니다.

  • 약물유사성 규칙: Lipinski Rule of 5, Veber, CNS, lead-like 등 문헌 기반 규칙을 RuleFilters로 일괄 적용
  • 구조 경보 필터: PAINS, Brenk, ChEMBL Common Alerts, Novartis NIBR 스크리닝 덱 규칙으로 문제 화합물 제거
  • 복잡도 지표: Bertz, SAS, QED, Whitlock 등을 ZINC-15 백분위 기준과 비교
  • 화학 그룹 탐지: privileged scaffold, 공유결합 warhead 등 큐레이션된 패턴 검색
  • 쿼리 언어: MATCHRULE(...) AND NOT HASALERT("pains") 형태로 다중 조건 필터 구성

반환 타입(DataFrame vs 불리언 마스크)과 병렬 처리(n_jobs=-1) 팁까지 정리되어 있어 대규모 라이브러리 처리에 바로 쓸 수 있습니다.

이런 분께 추천

  • 신약개발 히트-투-리드 / 리드 최적화 단계의 의약화학자
  • 가상 스크리닝 결과 수만~수백만 개 화합물을 1차 선별해야 하는 계산화학·데이터 사이언티스트
  • 생성모델이 만든 분자를 합성 가능성·독성 관점에서 걸러내야 하는 AI 신약개발 연구자

활용 예시

  1. 라이브러리 1차 트리아지: compounds.csv의 SMILES를 읽어 Rule of 5 + Veber 통과 여부와 PAINS 미포함 조건을 동시에 적용해 filtered_compounds.csv로 저장
  2. 리드 최적화 스크리닝: lead-like soft 규칙, NIBR severity < 10, Bertz 복잡도 95 백분위 이하를 모두 만족하는 후보만 추출
  3. 공유결합 저해제 탐색: common_warhead_covalent_inhibitors 그룹과 매칭되는 분자만 골라 covalent 후보 리스트 작성

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/medchem 폴더를 내 ~/.claude/skills/medchem/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/medchem ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 파이썬 3.9 이상이 설치돼 있는지 확인합니다: python --version
  2. medchem 라이브러리를 설치합니다: uv pip install medchem datamol (또는 pip install medchem datamol)
  3. (선택) Eli Lilly demerit 필터를 쓰려면 conda 환경에서 mamba install -c conda-forge lilly-medchem-rules를 실행합니다.
  4. 스킬 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  5. 스킬 폴더를 Claude 스킬 경로로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/medchem ~/.claude/skills/
  6. Claude Code를 재시작한 뒤 "이 SMILES 목록에 Rule of 5와 PAINS 필터를 적용해줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT