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DeepChem 분자 머신러닝 스킬

SMILES·SDF 데이터를 불러와 특성화하고, 전통 ML부터 GNN·사전학습 모델까지 분자 물성 예측 파이프라인을 만들도록 Claude를 안내하는 스킬입니다.

데이터·분석고급33,0303,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • DeepChem 2.8.0 기준으로 분자 데이터 로딩(SMILES, SDF, 단백질 서열), 특성화(원형 지문, 그래프, 디스크립터), 데이터 분할, 모델 학습·평가·예측까지 전 과정의 코드 패턴을 제공합니다.
  • Tox21, BBBP, Delaney 등 MoleculeNet 벤치마크와 공개 분할을 그대로 사용하는 방법을 안내합니다.
  • GCN, GAT, MPNN, AttentiveFP 같은 그래프 신경망과 ChemBERTa·GROVER·MolFormer 전이학습을 다룹니다.
  • 스캐폴드 분할로 데이터 누출 방지, 불균형 데이터 처리, 대용량 데이터의 메모리 관리 등 실전 베스트 프랙티스와 흔한 오류(백엔드 미설치, MKL 충돌) 해결법을 담고 있습니다.
  • predict_solubility.py, graph_neural_network.py, transfer_learning.py 세 개의 실행 가능한 스크립트와 API·워크플로 참조 문서가 동봉되어 있습니다.

이런 분께 추천

  • ADMET, 독성, 용해도 등 분자 물성 예측 모델을 만드는 계산화학·신약 개발 연구자
  • 화학 데이터로 머신러닝을 처음 시작하며 검증된 벤치마크와 기준선이 필요한 데이터 과학자
  • 사전학습 분자 모델을 소규모 데이터셋에 파인튜닝하려는 ML 엔지니어

활용 예시

  • "Delaney 데이터로 용해도 예측 모델을 학습하고 CCO, 벤젠의 값을 예측해줘" → predict_solubility.py 실행 및 결과 해석.
  • "Tox21에서 AttentiveFP와 랜덤포레스트+지문 기준선을 비교해줘" → 스캐폴드 분할 기반 공정 비교 파이프라인 구성.
  • "샘플 800개짜리 활성 데이터가 있는데 과적합이 심해" → ChemBERTa 파인튜닝 또는 단순 모델 전환 등 처방 제시.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/deepchem/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/deepchem 폴더를 내 ~/.claude/skills/deepchem/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/deepchem ~/.claude/skills/

제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 Python 3.7~3.11 환경을 준비합니다(3.12 이상은 지원되지 않습니다).
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 Claude 스킬 경로로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/deepchem ~/.claude/skills/
  4. GPU를 쓸 경우 먼저 PyTorch(또는 TensorFlow/JAX)를 CUDA 버전에 맞게 설치합니다.
  5. DeepChem을 설치합니다: 기본은 uv pip install deepchem, 그래프 신경망·전이학습을 쓰려면 uv pip install 'deepchem[torch]'.
  6. Claude Code를 재시작하고 "deepchem으로 Tox21 분류 모델 만들어줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
  7. import deepchem 오류가 나면 백엔드 설치 여부를, conda 환경에서 iJIT_NotifyEvent 오류가 나면 conda install "mkl<2025"를 확인하세요.