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Benchling 연동 (Benchling Integration)

Benchling Python SDK와 v2 REST API로 실험실 데이터(서열·재고·ELN·워크플로우)를 코드로 자동화하도록 도와주는 스킬.

웹·API 연동중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 7/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

생명과학 R&D 플랫폼 Benchling을 코드로 다루는 방법을 Claude에게 알려주는 스킬입니다.

  • API 키 / OAuth 앱 두 가지 인증 방식 설정
  • 레지스트리 엔티티(DNA·RNA·단백질 서열, 커스텀 엔티티, 스키마) 생성과 등록
  • 재고 관리(컨테이너, 박스, 플레이트, 위치, 이동)
  • 전자 실험노트(ELN) 엔트리 작성·조회 및 구조화 테이블
  • 워크플로우 태스크, 어세이 런, 플로우차트 자동화
  • AWS EventBridge 기반 이벤트 구독, Data Warehouse SQL 분석

페이지네이션(제너레이터), 자동 재시도(429/5xx), 커스텀 스키마 필드 헬퍼, 키 관리 보안 수칙 같은 실무 팁도 함께 제공합니다. 세부 내용은 references/ 폴더의 인증·SDK·엔드포인트·EventBridge 문서로 분리되어 있습니다.

이런 분께 추천

  • Benchling을 쓰는 바이오텍/제약 연구소의 데이터 엔지니어, 바이오인포매틱스 담당자
  • 수동 입력 대신 스크립트로 서열·샘플 데이터를 대량 등록하려는 실험실 관리자
  • Benchling과 LIMS·사내 DB·클라우드 파이프라인을 연동해야 하는 개발자

활용 예시

  1. FASTA 대량 임포트: "이 FASTA 파일의 서열들을 fld_abc123 폴더에 DNA 시퀀스로 등록하는 스크립트를 만들어줘"
  2. 재고 감사 리포트: 특정 박스 하위 컨테이너를 모두 순회해 바코드·이름을 CSV로 뽑아내기
  3. 워크플로우 자동 완료: pending 상태 태스크를 조회해 검증 조건을 통과하면 상태를 완료로 일괄 업데이트
  4. 분석용 추출: 특정 스키마의 서열만 골라 길이·염기 정보를 CSV/DB로 내보내기

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/benchling-integration 폴더를 내 ~/.claude/skills/benchling-integration/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && cp -r scientific-agent-skills/skills/benchling-integration ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 스킬 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 폴더를 Claude 스킬 경로로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/benchling-integration ~/.claude/skills/
  3. Benchling SDK를 설치합니다: uv pip install benchling-sdk (또는 pip install benchling-sdk)
  4. Benchling 웹에서 API 키를 발급받습니다(우측 상단 프로필 → Settings → API keys). 다중 사용자 프로덕션이라면 Developer Console에서 OAuth 앱을 만들어 client id/secret을 준비하세요.
  5. 환경변수를 설정합니다: export BENCHLING_TENANT_URL="https://내테넌트.benchling.com" 와 export BENCHLING_API_KEY="발급받은키" (셸 프로필에 넣으면 매번 입력 불필요)
  6. Claude Code를 재시작하고 "Benchling에서 DNA 시퀀스 목록을 가져와줘"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 활성화됩니다.
  7. 주의: API 키는 절대 Git에 커밋하지 말고, 앱 권한은 필요한 최소 범위만 부여하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT